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雪梨木木新蟲 (初入文壇)
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[求助]
tagSNP到底怎么代表一個基因上的所有SNP的，求指教。。 已有1人參與
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本人菜鳥一枚，希望大神不要見笑。 就是這個困擾我很久的問題：Haploview分析出來的結(jié)果比如說3個SNP在一個單倍型區(qū)域。比方說rs1234，rs5678，rs4321，那如果rs1234被選為tagSNP，我就做rs1234與某疾病的關(guān)聯(lián)。結(jié)果顯示rs1234確實與該病相關(guān)，那么作為tagSNP的rs1234是否就可以說明rs5678和rs4321也與該病相關(guān)呢？如若不是，那rs1234作為tagSNP的意義何在？盤大神指教~~~急 |
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rb
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【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
雪梨木木(silicare代發(fā)): 金幣+5, 謝謝參與 2014-06-18 16:10:45
感謝參與，應助指數(shù) +1
雪梨木木(silicare代發(fā)): 金幣+5, 謝謝參與 2014-06-18 16:10:45
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tagSNP涉及到單倍型的問題!。比方說rs1234，rs5678，rs4321三個SNP，假定是G、C突變，G、T突變和A、T突變，這些突變不是隨意組合的，而是趨向于一種組合方式，比如一條染色體是GGT,另一條是CCA。因為在基因組中，有些區(qū)域是較為緊密連鎖在一起的，這個區(qū)域可大可小，組成一個單倍型框，在區(qū)域里也會存在其它SNP。人們沒有必要把這些SNP都找出來，因為它們往往就像是捆綁在一起的。于是從中選出一個代表性的SNP，它可以反映這個區(qū)域的情況。 如果tagSNP rs1234確實與該病相關(guān)，那么作為tagSNP的rs1234不僅說明rs5678和rs4321與該病相關(guān)，整個區(qū)域其它SNP也與疾病相關(guān)，但是哪個是功能性SNP無法通過tagSNP找到。 |
2樓2014-06-17 01:59:41
myyounger
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3樓2014-06-17 23:22:27
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還有一個想請教的：如果這三個SNP組成一個單倍型框，那么我選擇做哪個SNP對結(jié)果是否會產(chǎn)生影響，因為Haploview在選tagSNP的時候貌似是隨機的，每次結(jié)果不一樣。 4樓2014-06-18 00:39:17
rb
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5樓2014-06-18 01:24:04
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