dxl20132009

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[求助] amber怎么處理模擬前的DNA 已有2人參與

我想用amber跑一個帶有小分子的DNA，DNA和小分子都是自己用sybyl畫的，小分子力場建好了，但是在用amber處理前期出現(xiàn)下列錯誤信息
輸完這個命令后：comp = loadpdb DNA_2pc_3d.pdb

Loading PDB file: ./DNA_2pc_3d.pdb
-- residue 19: duplicate [ C] atoms (total 36)
-- residue 19: duplicate [ H] atoms (total 49)
-- residue 19: duplicate [ N] atoms (total 13)
-- residue 19: duplicate [ O] atoms (total 7)
-- residue 20: duplicate [ C] atoms (total 36)
-- residue 20: duplicate [ H] atoms (total 49)
-- residue 20: duplicate [ N] atoms (total 13)
-- residue 20: duplicate [ O] atoms (total 7)
Unknown residue: PC number: 18 type: Nonterminal
Unknown residue: PC number: 19 type: Terminal/last
..relaxing end constraints to try for a dbase match
。。。。。。。。。。。。。。。。。。
Created a new atom named: 'H5' within residue: .R<DA 37>
Created a new atom named: 'H2' within residue: .R<DA 37>
Created a new atom named: 'H2' within residue: .R<DT3 38>
Created a new atom named: HCA within residue: .R<DT3 38>
Created a new atom named: 'H5' within residue: .R<DT3 38>
Bond: Maximum coordination exceeded on .R<PC 19>.A<H 3>
-- setting atoms pert=true overrides default limits
ATOMS NOT BONDED: .R<PC 19>.A<N 2> .R<PC 19>.A<H 3>
!FATAL ERROR----------------------------------------
!FATAL: In file [atom.c], line 444
!FATAL: Message: bondAtomProblem found
!
!ABORTING.
請問是怎么回事？是DNA的問題嗎？那么DNA該怎么處理呢？

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1樓 2014-06-18 11:38:29

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smutao

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感謝參與，應助指數(shù) +1
月只藍: 金幣+1, 感謝指導！ 2014-06-19 14:57:27

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2樓2014-06-18 13:27:37

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引用回帖:

2樓: Originally posted by smutao at 2014-06-18 13:27:37
duplicated atom names

那要怎么修改呢？我的復合物體系含有兩個相同的小分子，我見小分子力場的時候用的小分子的pdb文件包含一個小分子還是兩個？

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3樓2014-06-19 10:13:02

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iamthinking

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dxl20132009(月只藍代發(fā)): 金幣+2, 感謝指導！ 2014-06-25 13:52:40

引用回帖:

3樓: Originally posted by dxl20132009 at 2014-06-19 10:13:02
那要怎么修改呢？我的復合物體系含有兩個相同的小分子，我見小分子力場的時候用的小分子的pdb文件包含一個小分子還是兩個？...

當然是兩個，不過殘基序號要注意區(qū)分，
另外Bond: Maximum coordination exceeded，pdb內(nèi)原子配位數(shù)超過amber的默認值8，如果你的分子確實含有8配位以上，修改atom.h文件里的MAXBOND變量重新編譯amber

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4樓2014-06-19 14:40:34

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4樓: Originally posted by iamthinking at 2014-06-19 14:40:34
當然是兩個，不過殘基序號要注意區(qū)分，
另外Bond: Maximum coordination exceeded，pdb內(nèi)原子配位數(shù)超過amber的默認值8，如果你的分子確實含有8配位以上，修改atom.h文件里的MAXBOND變量重新編譯amber...

如果配位數(shù)不超過8呢？出現(xiàn)這樣的錯誤該怎么修改？我是初學者，不太懂，謝謝賜教

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5樓2014-06-19 14:53:45

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【答案】應助回帖

引用回帖:

5樓: Originally posted by dxl20132009 at 2014-06-19 14:53:45
如果配位數(shù)不超過8呢？出現(xiàn)這樣的錯誤該怎么修改？我是初學者，不太懂，謝謝賜教...

那就把那兩個小分子殘基號區(qū)分一下哎

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6樓2014-06-19 15:07:27

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6樓: Originally posted by iamthinking at 2014-06-19 15:07:27
那就把那兩個小分子殘基號區(qū)分一下哎...

請問，如果兩個小分子一樣，那么建小分子力場的時候，是建一個分子力場呢？還是一個一個的建？可以兩個分子一起建嗎？

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7樓2014-06-19 23:07:30

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7樓: Originally posted by dxl20132009 at 2014-06-19 23:07:30
請問，如果兩個小分子一樣，那么建小分子力場的時候，是建一個分子力場呢？還是一個一個的建？可以兩個分子一起建嗎？...

一樣的分子除了殘基號不一樣還有不同么？只要一份frcmod文件就行了

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8樓2014-06-19 23:53:09

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8樓: Originally posted by iamthinking at 2014-06-19 23:53:09
一樣的分子除了殘基號不一樣還有不同么？只要一份frcmod文件就行了...

是的，兩個分子一模一樣，除了殘基編號不一樣，那么我只要建一個小分子力場就可以了，是嗎？

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9樓2014-06-20 15:31:06

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9樓: Originally posted by dxl20132009 at 2014-06-20 15:31:06
是的，兩個分子一模一樣，除了殘基編號不一樣，那么我只要建一個小分子力場就可以了，是嗎？...

是噠

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10樓2014-06-20 17:15:38

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