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dxl20132009銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
amber怎么處理模擬前的DNA 已有2人參與
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我想用amber跑一個(gè)帶有小分子的DNA，DNA和小分子都是自己用sybyl畫(huà)的，小分子力場(chǎng)建好了，但是在用amber處理前期出現(xiàn)下列錯(cuò)誤信息 輸完這個(gè)命令后：comp = loadpdb DNA_2pc_3d.pdb Loading PDB file: ./DNA_2pc_3d.pdb -- residue 19: duplicate [ C] atoms (total 36) -- residue 19: duplicate [ H] atoms (total 49) -- residue 19: duplicate [ N] atoms (total 13) -- residue 19: duplicate [ O] atoms (total 7) -- residue 20: duplicate [ C] atoms (total 36) -- residue 20: duplicate [ H] atoms (total 49) -- residue 20: duplicate [ N] atoms (total 13) -- residue 20: duplicate [ O] atoms (total 7) Unknown residue: PC number: 18 type: Nonterminal Unknown residue: PC number: 19 type: Terminal/last ..relaxing end constraints to try for a dbase match 。。。。。。。。。。。。。。。。。。 Created a new atom named: 'H5' within residue: .R<DA 37> Created a new atom named: 'H2' within residue: .R<DA 37> Created a new atom named: 'H2' within residue: .R<DT3 38> Created a new atom named: HCA within residue: .R<DT3 38> Created a new atom named: 'H5' within residue: .R<DT3 38> Bond: Maximum coordination exceeded on .R<PC 19>.A<H 3> -- setting atoms pert=true overrides default limits ATOMS NOT BONDED: .R<PC 19>.A<N 2> .R<PC 19>.A<H 3> !FATAL ERROR---------------------------------------- !FATAL: In file [atom.c], line 444 !FATAL: Message: bondAtomProblem found ! !ABORTING. 請(qǐng)問(wèn)是怎么回事？是DNA的問(wèn)題嗎？那么DNA該怎么處理呢？ |
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dxl20132009
銅蟲(chóng) (小有名氣)
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7樓2014-06-19 23:07:30
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-06-19 14:57:27
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月只藍(lán): 金幣+1, 感謝指導(dǎo)！ 2014-06-19 14:57:27
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2樓2014-06-18 13:27:37
dxl20132009
銅蟲(chóng) (小有名氣)
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3樓2014-06-19 10:13:02
iamthinking
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
浪客琴心
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4樓2014-06-19 14:40:34
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