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SHUHUI1988新蟲 (初入文壇)
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[求助]
急急急,熒光定量PCR引物及擴增效率求助~~~~~~~~~~~~~~~~
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這段時間一直在做定量PCR,是做室內(nèi)純菌培養(yǎng)的功能基因,所用的質粒是找測序公司 合成的,然后返回的大腸桿菌,我自己培養(yǎng)后用qiagen試劑盒提取的,DNA是純菌提取RNA后反轉錄得到。然后一開始使用提取的質粒直接作為模板做標準曲線,所有的標曲基本上R2值都可以在0.997~1左右,然后有一個基因glk基因擴增效率還不錯102%左右,后面連著標曲和樣品一起做,擴增效率也差不多,另外兩個基因soxb基因一個擴增效率一直在80%左右甚至60%多,另一個基因cbbl基因基本上稀釋梯度第三個之后的梯度就擴不出來的,在做標曲之前有做了定量,三個基因的反轉錄得到的DNA濃度基本上差不多。 后面聽大家說,那個是傳統(tǒng)的方法,現(xiàn)在發(fā)文章好像是要求不能直接用環(huán)狀質粒做標曲的模板,需要線性化,然后我根據(jù)一個師兄的建議,直接用載體引物PCR跑膠后進行膠回收來純化的DNA,試劑盒也是qiagen的,結果這樣得到的純化后的DNA去做標曲,glk和soxb基因的標曲,R2值還是0.997~1左右,擴增效率卻一直在80%~90%直接,勉強偶爾到91%、92%左右但卻沒有重復性,而且也有做退火溫度梯度,從52~65℃左右,基本上都是80%多,沒有明顯的差,兩個基因都做退火溫度梯度了。也有把引物量提高,把體系中DNA的量也有該,各種都試了都不行,然后我做定量PCR的試劑盒是gotaq的試劑盒,里面的酶什么都是混合好的MIX,不知道應該下一步怎么繼續(xù)了。另一個cbbl基因干脆擴增效率60%,懷疑是引物問題,重新又設計了3對引物,結果今天用這三對引物做溫度梯度,溶解曲線都是亂的,不知道是引物二聚體太多還是什么。。。 已經(jīng)是延期畢業(yè)了,實驗還是沒有進展,快要撐不住了。。。。。。。。!求助~~~~~~~~~~~~~~~ 還有,有人做過cbbl、glk、soxb、zwf、edd、eda這些基因的熒光定量么,有沒有比較好的引物推薦~~~~~~~~~~~~~~~ 謝謝。。。。。。。。。。。。! |
新蟲 (初入文壇)
新蟲 (正式寫手)
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