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zhangmao511鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
請(qǐng)教蛋白分子晶體結(jié)構(gòu)連接的一個(gè)問題，謝謝！！ 已有3人參與
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| 我有一個(gè)蛋白叫VAV2。我在PDB網(wǎng)站上找到了4個(gè)VAV2的真實(shí)晶體結(jié)構(gòu)，但是這4個(gè)晶體結(jié)構(gòu)都不是完整的VAV2蛋白序列，不是中間一段，就是前端一段，或者是尾端一段。而我要研究的位點(diǎn)正好處于VAV2全蛋白序列的末端7-8個(gè)殘基那。所以上面4個(gè)晶體結(jié)構(gòu)中有一個(gè)能覆蓋住我的位點(diǎn)，就是尾端的一段73aa的晶體結(jié)構(gòu)。。本來我是準(zhǔn)備用這一段晶體結(jié)構(gòu)去做分子模擬的，但是朋友說可以考慮把以上4個(gè)晶體結(jié)構(gòu)整合一下，自己將4個(gè)段的晶體結(jié)構(gòu)連接成一個(gè)完整的蛋白結(jié)構(gòu)。我想問一下，怎么個(gè)連接法呢，用分子對(duì)接軟件連，還是自己手動(dòng)連接呢？？謝謝！！ |
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zhangmao511
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhangmao511(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流！ 2014-07-08 16:40:11
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zhangmao511(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流！ 2014-07-08 16:40:11
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個(gè)人認(rèn)為可行方案如下： 1.如果四個(gè)結(jié)構(gòu)中有相當(dāng)一段殘基序列是重復(fù)的，依據(jù)各段重復(fù)序列進(jìn)行結(jié)構(gòu)Align,根據(jù)Align的結(jié)果更新四個(gè)結(jié)構(gòu)的坐標(biāo)位置，獲得連續(xù)的完整蛋白坐標(biāo)。 2.四個(gè)結(jié)構(gòu)中沒有重復(fù)序列，那只好用同源建模軟件模建了，而且如果中間缺失結(jié)構(gòu)的區(qū)域很長(zhǎng)，模建基本上也非常不靠譜，如果你是要用來跑動(dòng)力學(xué)，還是算了吧。 建議最后整合后的新結(jié)構(gòu)跑個(gè)加了restraint的平衡動(dòng)力學(xué)，防止原子坐標(biāo)或者空間構(gòu)象不合理。 |
4樓2014-07-08 13:00:33
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