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monster_zeh金蟲 (小有名氣)
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怎么確定一種生物中是否有某種酶 已有1人參與
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一種生物中是否有纖維素酶、溶菌酶、脂肪酶等等。 各位大俠,我是新手,請(qǐng)不吝賜教。 |
蛋白質(zhì)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) |
金蟲 (小有名氣)
木蟲 (正式寫手)

金蟲 (小有名氣)
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樣品中的特定的酶是否存在的實(shí)驗(yàn)檢測(cè)方法 I.最簡(jiǎn)單的一種方法:測(cè)定樣品中有沒有纖維素酶、溶菌酶、脂肪酶等酶的生物活性,如果酶的活性沒有被抑制的話,也可以同時(shí)用有關(guān)的特定的酶的特征的紅外、可見光、紫外光光譜、原子光譜分析進(jìn)行測(cè)定,尤其是這些酶有一些象NADH、FADH之類有機(jī)小分子輔基或輔酶或者含有有金屬離子時(shí),后者用原子光譜分析。 但是以上只是證明樣品中可能有纖維素酶、溶菌酶、脂肪酶等酶,有可能存在與它們有同樣活性的其他物質(zhì),甚至還不一定就是別的同種活性的生物酶。 II。精確的方法(沒有查到祥光酶的標(biāo)準(zhǔn)檢測(cè)試驗(yàn)流程的前提下):根據(jù)纖維素酶、溶菌酶、脂肪酶等酶的相對(duì)分子量進(jìn)行分子篩層析或者其他的纖維素酶、溶菌酶、脂肪酶等酶的標(biāo)準(zhǔn)分離方法,分離出同等分子量的生物大分子,然后測(cè)定其生物活性。接著用用有關(guān)的特定的酶的特征的紅外、可見光、紫外光光譜、原子光譜分析進(jìn)行測(cè)定,尤其是這些酶有一些象NADH、FADH之類有機(jī)小分子輔基或輔酶或者含有有金屬離子時(shí),后者用原子光譜分析。這樣基本上可以知道纖維素酶、溶菌酶、脂肪酶等酶在樣品中是否存在了,現(xiàn)在的有關(guān)酶試劑的商品說明一般可能查到常用的酶的檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn),也可以根據(jù)有關(guān)常用的酶的檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn),比如特征光譜、MS、HPLC、SDS PAGE電泳等完成檢測(cè)。 如果完全查不到有關(guān)的酶的檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn),而且檢測(cè)要求非常精確的做法,那么做法如下: 1.用HPLC或普通分子篩層析根據(jù)目的蛋白質(zhì)的相對(duì)分子量進(jìn)行分離,也可以根據(jù)酶的推薦使用的其他分離方法,比如離子交換層析、親和層析等分離出目的蛋白質(zhì),為了更加精確,一般最好在用非HPLC的情況下應(yīng)該使用HPLC進(jìn)行一次完整蛋白質(zhì)的相對(duì)分子量鑒定或者用MS做一次分子量鑒定,同時(shí)也是鑒定純度,還可以用特征光譜、溶解法、SDS PAGE、WB等手段鑒定分離的蛋白質(zhì)的純度。一般這一步不要用肽譜分析,因?yàn)橛昧藰悠肪蛽p失了,后面檢測(cè)還要接著做。MS損失樣品很少。這步實(shí)驗(yàn)也盡量少用SDS PAGE或WB,因?yàn)镾DS PAGE回收的蛋白質(zhì)不一定都能復(fù)性,WB的蛋白質(zhì)則損失了,影響后面的酶活性的測(cè)定。 2.酶的生物活性的測(cè)定。這一步取目的酶的最適反應(yīng)條件。酶的生物活性的測(cè)定不要放在第一步,因?yàn)闃悠匪幁h(huán)境復(fù)雜,很可能目的酶的生活活性被抑制,不要第一步對(duì)于樣品檢測(cè)生物活性,發(fā)現(xiàn)沒有就此放棄。嚴(yán)格一些需要測(cè)定目的酶的比活性。 3.對(duì)于分離生物大分子對(duì)于此種生物大分子進(jìn)行有限酶水解(通常用胰蛋白酶),可以再對(duì)于各個(gè)水解片段進(jìn)行MS測(cè)定相對(duì)分子量;與此同時(shí),用自動(dòng)測(cè)序儀測(cè)定N末端和C末端各測(cè)定連續(xù)的15個(gè)氨基酸左右的氨基酸序列,或者對(duì)于此種生物大分子進(jìn)行有限酶水解(水解酶視酶的相對(duì)分子量大小而定,不一定用胰蛋白酶,有必要的話可以用兩次不同的水解酶有限水解)后,分別對(duì)于兩個(gè)相鄰的水解片段分別用自動(dòng)測(cè)序儀測(cè)定序列和用MS測(cè)定相對(duì)分子量(對(duì)于同一次有限水解的每一個(gè)蛋白質(zhì)片段只做一次測(cè)定,或者測(cè)序或者做MS測(cè)定相對(duì)分子量),如果這些數(shù)據(jù)都符合數(shù)據(jù)庫(kù)中的與目的酶來源及類型完全相同的酶。 分離時(shí)目的產(chǎn)物酶時(shí),一般不要根據(jù)纖維素酶、溶菌酶、脂肪酶等酶的相對(duì)分子量使用SDS PAGE電泳分離目的蛋白質(zhì),因?yàn)镾DS PAGE回收的蛋白質(zhì)不一定都能復(fù)性;也盡量少用SDS PAGE或WB,WB的蛋白質(zhì)則損失了,這樣下一步就不能用生物活性方法測(cè)定是否存在目的酶。 有人可能可能認(rèn)為:根據(jù)纖維素酶、溶菌酶、脂肪酶等酶的相對(duì)分子量使用SDS PAGE電泳分離目的蛋白質(zhì),雖然SDS PAGE回收的蛋白質(zhì)不一定都能復(fù)性,但是可以用沒有限水解后,分別測(cè)定相鄰水解片段的序列和相對(duì)分子量之一(對(duì)于同一次有限水解的每一個(gè)蛋白質(zhì)片段只做一次測(cè)定,或者測(cè)序或者做MS測(cè)定相對(duì)分子量)。實(shí)際上SDS PAGE已經(jīng)使得蛋白質(zhì)變性,而復(fù)性可能也不是完全,可以用CD和紅外傅立葉光譜同時(shí)檢測(cè),折疊狀態(tài)即使有生活性也可能不是生理狀態(tài)的構(gòu)象,因此有限酶水解可能與天然酶不一樣,所以分別測(cè)定相鄰水解片段的序列和相對(duì)分子量之一(對(duì)于同一次有限水解的每一個(gè)蛋白質(zhì)片段只做一次測(cè)定,或者測(cè)序或者做MS測(cè)定相對(duì)分子量)得到的數(shù)據(jù)可能與數(shù)據(jù)實(shí)際不符,除非有數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)就是這樣獲得的。 4.沒有條件做第三步實(shí)驗(yàn),則建議用CD、紅外傅立葉光譜、熒光光譜、紫外可見光光譜同時(shí)檢測(cè)第一步分離出的產(chǎn)物的特征光譜,同時(shí)結(jié)合第二步酶活性測(cè)定。這些都是陽(yáng)性結(jié)果之后,再用SDS PAGE電泳或WB檢測(cè)一次,有條件可同時(shí)SDS PAGE電泳和WB,沒有條件,至少用一次SDS PAGE電泳。 |
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查閱酶的活性方法,可以查:酶法分析手冊(cè),德國(guó)人寫的一本書,80年代有中譯本,或者查:Hans Bisswanger,Practical Enzymolgy,Wily-VCH ,2004。也可以直接從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù),比如PDB查出有關(guān)酶的各種信息,包括催化活性。 再說一遍:不能只根據(jù)混合物是否有目的酶的生物活性的存在,就斷定混合物中有有目的酶的存在。 |
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