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zq4725106新蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何根據(jù)已知基因組序列拼接未知序列 已有1人參與
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各位大蝦，最近實(shí)驗(yàn)室測了一株菌，測得草圖，比對(duì)發(fā)現(xiàn)與genebank 中的一株菌（complete sequence）的相似度達(dá)99%，如何根據(jù)這個(gè)已知的序列拼接我測的序列？請(qǐng)各位大蝦賜教 PS：scaffold 有280個(gè)，如果挨個(gè)比對(duì)的話太耗時(shí) |
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凌波麗
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
gyesang: 金幣+5, 鼓勵(lì)回帖交流！ 2014-07-09 16:08:20
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建議使用：Velvet軟件包：http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/Velvet，具體操作請(qǐng)見：薛慶中 等 編著，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具，科學(xué)出版社，2012年，第三版，325-333，第17章 全基因組序列拼接的流程和方法。 生物信息學(xué)參考書： 1.薛慶中 等 編著 ，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第二版)PDF http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank 下載后即可閱讀。 2.薛慶中 等 編著，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具_(dá)(第三版） http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank 下載后好像無法解壓，樓主試試看吧，至少“DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具(第二版)”肯定能夠用。 薛慶中 等 編著，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具，科學(xué)出版社，2010年，第二版 和 薛慶中 等 編著，DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)分析工具，科學(xué)出版社，2012年，第三版，都是講的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫和生物信息學(xué)軟件的具體應(yīng)用，很容易看懂并且自己上手操作，不過沒有講述各種算法的原理。 |
2樓2014-07-09 10:28:10
凌波麗
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gyesang: 金幣+5, 鼓勵(lì)回帖交流！ 2014-07-09 16:08:11
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DNAstar中的SeqMan軟件包也可以用于序列拼接。啟動(dòng)：DNAstar中的SeqMan，選擇File--->New，建立一個(gè)新文件，在Unassembled Sequences窗口，既然要拼接DNA序列，肯定不止一個(gè)文件，把它們都建在在Unassembled Sequences窗口下的大的對(duì)話框里，自己對(duì)每一個(gè)文件七個(gè)文件名。然后選擇窗口上端的“add Sequence”按鍵，選擇要拼接的各個(gè)文件，或者就選Add All鍵。窗口上有個(gè)"Trim Ends"，點(diǎn)擊打開，拉下菜單，在里面選項(xiàng)里選擇一些優(yōu)化的選項(xiàng)選擇嚴(yán)謹(jǐn)度。退出對(duì)話框，再點(diǎn)擊Unassembled Sequences窗口右邊的Options按鍵，打開Options菜單，顯示轉(zhuǎn)配前的全部選擇一覽表，單擊Scan All，可以自行根據(jù)對(duì)話框內(nèi)的各種提示調(diào)整設(shè)定或者使用默認(rèn)設(shè)定，為調(diào)整好的話，程序會(huì)有提示。設(shè)定好之后退出Options菜單，返回Unassembled Sequences窗口界面，點(diǎn)擊左上角的Assemble按鍵，Unassembled Sequences窗口立即消失，報(bào)告窗口會(huì)顯示裝配進(jìn)度。 拼裝完畢后，點(diǎn)擊Contig---->Alignment View觀看信息，在Alignment of Contig窗口中。 如果輸入的序列信息DNAstar無法識(shí)別，可以用DNAstar的文件轉(zhuǎn)換功能轉(zhuǎn)換文件格式后再拼接序列。 具體操作可以參考網(wǎng)上的最新版本的DNAstar程序與對(duì)應(yīng)軟件說明。 |
3樓2014-07-09 11:22:56
zq4725106
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4樓2014-08-08 17:34:10
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