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zq4725106新蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何根據已知基因組序列拼接未知序列 已有1人參與
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各位大蝦，最近實驗室測了一株菌，測得草圖，比對發(fā)現與genebank 中的一株菌（complete sequence）的相似度達99%，如何根據這個已知的序列拼接我測的序列？請各位大蝦賜教 PS：scaffold 有280個，如果挨個比對的話太耗時 |
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 生物信息學 |
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zq4725106
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建議使用：Velvet軟件包：http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/Velvet，具體操作請見：薛慶中 等 編著，DNA和蛋白質序列數據分析工具，科學出版社，2012年，第三版，325-333，第17章 全基因組序列拼接的流程和方法。 生物信息學參考書： 1.薛慶中 等 編著 ，DNA和蛋白質序列數據分析工具(第二版)PDF http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank 下載后即可閱讀。 2.薛慶中 等 編著，DNA和蛋白質序列數據分析工具_(第三版） http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank 下載后好像無法解壓，樓主試試看吧，至少“DNA和蛋白質序列數據分析工具(第二版)”肯定能夠用。 薛慶中 等 編著，DNA和蛋白質序列數據分析工具，科學出版社，2010年，第二版 和 薛慶中 等 編著，DNA和蛋白質序列數據分析工具，科學出版社，2012年，第三版，都是講的生物信息學數據庫和生物信息學軟件的具體應用，很容易看懂并且自己上手操作，不過沒有講述各種算法的原理。 |
2樓2014-07-09 10:28:10
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DNAstar中的SeqMan軟件包也可以用于序列拼接。啟動：DNAstar中的SeqMan，選擇File--->New，建立一個新文件，在Unassembled Sequences窗口，既然要拼接DNA序列，肯定不止一個文件，把它們都建在在Unassembled Sequences窗口下的大的對話框里，自己對每一個文件七個文件名。然后選擇窗口上端的“add Sequence”按鍵，選擇要拼接的各個文件，或者就選Add All鍵。窗口上有個"Trim Ends"，點擊打開，拉下菜單，在里面選項里選擇一些優(yōu)化的選項選擇嚴謹度。退出對話框，再點擊Unassembled Sequences窗口右邊的Options按鍵，打開Options菜單，顯示轉配前的全部選擇一覽表，單擊Scan All，可以自行根據對話框內的各種提示調整設定或者使用默認設定，為調整好的話，程序會有提示。設定好之后退出Options菜單，返回Unassembled Sequences窗口界面，點擊左上角的Assemble按鍵，Unassembled Sequences窗口立即消失，報告窗口會顯示裝配進度。 拼裝完畢后，點擊Contig---->Alignment View觀看信息，在Alignment of Contig窗口中。 如果輸入的序列信息DNAstar無法識別，可以用DNAstar的文件轉換功能轉換文件格式后再拼接序列。 具體操作可以參考網上的最新版本的DNAstar程序與對應軟件說明。 |
3樓2014-07-09 11:22:56
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