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liumang12712銀蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于motif的問(wèn)題
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| 大家好，有誰(shuí)能夠給我講講motif嗎？比如知道一個(gè)基因的蛋白序列，知道它是一個(gè)DNA binding蛋白，通過(guò)NCBI知道它有三段DNA binding位點(diǎn)，但是老板說(shuō)讓我找到這個(gè)基因的motif，然后看在這個(gè)motif的上下游有哪些基因。怎么找這個(gè)motif啊，而且怎么找到這個(gè)motif上下游的基因呢？謝謝大家啦！ |
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biofandandan
金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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motif在線查詢(xún)： http://motif.genome.jp/，這是網(wǎng)址，你試試 另外，PROSITE：http://cn.expasy.org/tools/scanprosite/ 是專(zhuān)門(mén)搜索蛋白質(zhì)Motif的數(shù)據(jù)庫(kù)，其中signature seqs是最重要的motif信息。 關(guān)于上下游基因的尋找，用基因組瀏覽器最方便了：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway 最上面一排選擇好基因的信息 包括物種分類(lèi) 物種名 基因組版本 位置 關(guān)鍵詞 （后兩個(gè)中隨便填一個(gè)就行了） 找到你想要的基因之后，在圖中你想要的基因的上點(diǎn)擊右鍵 選擇Get DNA for XXX(基因名) 之后會(huì)彈出一個(gè)窗口 在Sequence Retrieval Region Options下面就可以分別填寫(xiě)你需要的上下游序列長(zhǎng)度其他的選項(xiàng)可以先默認(rèn)（以后慢慢研究吧），點(diǎn)擊最下面Get DNA就搞定了 最后是以FASTA格式輸出的 右鍵另存為txt或者全選復(fù)制粘貼就行了 |
2樓2014-07-10 16:29:41
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