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xueyiran2007銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
VMD顯示Lammps軌跡文件.lammpstrj
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利用VMD顯示lammps模擬水溶液的軌跡文件，存在如下問題，請(qǐng)各位大神幫忙： 1. 利用CPK顯示，由于周期性邊界，有些盒子邊界的H-O鍵，跨過整個(gè)盒子，請(qǐng)問如何去除這些鍵？ 2 水中H-H之間沒鍵，但VMD上H-H之間卻顯示成鍵，請(qǐng)問這個(gè)如何去除？ 3. H，O原子半徑大小顯示相同，實(shí)際上O的半徑要大，如何設(shè)定H,O的半徑？ 我試圖用VMD-graphics-representations-create rep-selected atoms來(lái)選擇H，O，但選擇不上，請(qǐng)問selected atoms選項(xiàng)如何輸入才能選擇上某個(gè)原子？我查看了下手冊(cè)，沒搞明白。 |
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- Lammps trajectory----use VMD to make molecules whole again
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2樓2014-07-15 19:14:57
mileyfan
新蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 能源化工
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在CPK格式下，設(shè)置Bond Radius為0，即可讓所有的鍵直徑都變?yōu)?。lammps生成的軌跡文件不包含鍵的信息，所以VMD會(huì)將原子距離低于預(yù)設(shè)值的原子之間形成鍵。 若想形成完美的水分子，可按照下方法設(shè)置。首先設(shè)置CPK的Bond Radius為0，然后Create Rep，設(shè)置樣式為Bonds，調(diào)整Bond Radius和Bond Resolution，前者為鍵直徑，后者為形成鍵的長(zhǎng)度（低于該長(zhǎng)度可成鍵）。將這兩個(gè)參數(shù)調(diào)整到合適的值，就能產(chǎn)生完美的水分子。 |
6樓2019-04-04 18:18:36
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