幻亦真

銅蟲 (初入文壇)

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[求助] 把a(bǔ)utodock的對(duì)接結(jié)果保存為PDB之后，做分子動(dòng)力學(xué)出現(xiàn)的問(wèn)題，求高手... 已有2人參與

是這樣的...我的autodock對(duì)接是將一個(gè)6肽片段對(duì)接到一個(gè)32肽上（兩個(gè)肽都是一條鏈）。得到結(jié)果，并用DS或者ADT將結(jié)果轉(zhuǎn)換成PDB格式后，發(fā)現(xiàn)6肽片段不能以多肽的形式表示出來(lái)（如下圖，文本中打開）
HETATM  280  C UNK    0    28.728  56.673  64.536  0.00  0.00          C
HETATM  281  C UNK    0    30.424  57.661  65.652  0.00  0.00          C
HETATM  282  N UNK    0    29.102  55.834  65.568  0.00  0.00          N
HETATM  283  C UNK    0    30.133  56.417  66.279  0.00  0.00          C
正常的肽的格式應(yīng)該是（如下，文本打開）
ATOM 254  O GLY A  38    11.693  55.593  63.060  0.00  0.00          O
ATOM 255  H GLY A  38    12.331  57.419  64.317  0.00  0.00          H
ATOM 256  N VAL A  39    13.179  53.901  63.001  0.00  0.00          N
ATOM 257  CA  VAL A  39    12.487  53.181  61.928  0.00  0.00          C

我的目的是想把對(duì)接的構(gòu)象進(jìn)一步做分子動(dòng)力學(xué)，但charmm只能識(shí)別受體32肽，不能識(shí)別6肽。請(qǐng)教如何將6肽變成可識(shí)別的格式？或者如何實(shí)現(xiàn)結(jié)果構(gòu)象做動(dòng)力學(xué)？

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1樓 2014-07-17 15:57:35

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幻亦真

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我個(gè)人先頂一個(gè)，希望用autodock結(jié)果做過(guò)動(dòng)力學(xué)的大神不吝賜教�。�！

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2樓2014-07-17 15:59:33

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ferlich

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★
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幻亦真: 金幣+1, ★有幫助 2014-07-19 09:11:56

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3樓2014-07-18 16:08:30

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幻亦真

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引用回帖:

3樓: Originally posted by ferlich at 2014-07-18 16:08:30
把unk改成你對(duì)應(yīng)的residue name

HETATM 280 C UNK 0 28.728 56.673 64.536 0.00 0.00 C

ATOM 254 O GLY A 38 11.693 55.593 63.060 0.00 0.00 O

我修改過(guò)，DS軟件確實(shí)可以識(shí)別6肽了。但是VMD還是不能識(shí)別，也就不能做動(dòng)力學(xué)

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4樓2014-07-19 09:16:47

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polypro

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★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
幻亦真(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-07-22 18:48:38

你的6肽結(jié)構(gòu)是否像一個(gè)蛋白？換句話說(shuō)，當(dāng)你將residue name改完以后，用pymol,rasmol,vmd等軟件看一下，很有可能是坐標(biāo)位置不對(duì)，不像多肽結(jié)構(gòu)

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泉涸,魚相與處于陸,相呴以濕,相濡以沫,不如相忘于江湖。

5樓2014-07-19 10:18:58

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引用回帖:

5樓: Originally posted by polypro at 2014-07-19 10:18:58
你的6肽結(jié)構(gòu)是否像一個(gè)蛋白？換句話說(shuō)，當(dāng)你將residue name改完以后，用pymol,rasmol,vmd等軟件看一下，很有可能是坐標(biāo)位置不對(duì)，不像多肽結(jié)構(gòu)

是蛋白質(zhì)。vmd打開analysis>sequence show里面只顯示我的受體32肽，不顯示6肽配體。分子信息中顯示有38個(gè)肽...

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6樓2014-07-19 21:49:59

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【答案】應(yīng)助回帖

把你38肽的坐標(biāo)貼上來(lái)看看吧

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7樓2014-07-20 17:07:19

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gengkj

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您好，我如何把a(bǔ)utodock的結(jié)合保存成pdb格式啊，我用對(duì)接結(jié)果里面的write complex 想輸出pdb結(jié)果可是不行啊只有pdbqt 結(jié)果在pymol里面打開以后不行，如何才能把復(fù)合物結(jié)果輸出pdb格式啊？

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8樓2014-12-18 09:45:28

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