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把a(bǔ)utodock的對接結(jié)果保存為PDB之后，做分子動力學(xué)出現(xiàn)的問題，求高手... 已有2人參與
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是這樣的...我的autodock對接是將一個6肽片段對接到一個32肽上（兩個肽都是一條鏈）。得到結(jié)果，并用DS或者ADT將結(jié)果轉(zhuǎn)換成PDB格式后，發(fā)現(xiàn)6肽片段不能以多肽的形式表示出來（如下圖，文本中打開） HETATM 280 C UNK 0 28.728 56.673 64.536 0.00 0.00 C HETATM 281 C UNK 0 30.424 57.661 65.652 0.00 0.00 C HETATM 282 N UNK 0 29.102 55.834 65.568 0.00 0.00 N HETATM 283 C UNK 0 30.133 56.417 66.279 0.00 0.00 C 正常的肽的格式應(yīng)該是（如下，文本打開） ATOM 254 O GLY A 38 11.693 55.593 63.060 0.00 0.00 O ATOM 255 H GLY A 38 12.331 57.419 64.317 0.00 0.00 H ATOM 256 N VAL A 39 13.179 53.901 63.001 0.00 0.00 N ATOM 257 CA VAL A 39 12.487 53.181 61.928 0.00 0.00 C 我的目的是想把對接的構(gòu)象進(jìn)一步做分子動力學(xué)，但charmm只能識別受體32肽，不能識別6肽。請教如何將6肽變成可識別的格式？或者如何實現(xiàn)結(jié)果構(gòu)象做動力學(xué)？ |
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