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hlq3175木蟲 (正式寫手)
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[求助]
【求助】關(guān)于聚合物鏈加溶劑力的Brawnian動(dòng)力學(xué)模擬 已有1人參與
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| 請(qǐng)教個(gè)問(wèn)大神幾個(gè)關(guān)于Brawnian動(dòng)力學(xué)模擬的問(wèn)題對(duì)于聚合物納米顆粒體系不考慮溶劑力效應(yīng)的布朗動(dòng)力學(xué)模擬可以通過(guò)Lammps實(shí)現(xiàn)，但是對(duì)于考慮溶劑力作用的模擬，該如何實(shí)現(xiàn)呢？還有一個(gè)問(wèn)題就是，對(duì)于聚合物本身我們可以看作它是符合布朗動(dòng)力學(xué)模擬的，但是對(duì)于聚合物的每個(gè)鏈接，假如我也要處理成符合布朗動(dòng)力學(xué)模擬，這又該如何實(shí)現(xiàn)？謝謝大家了。 |
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溶劑的力已經(jīng)包含在粘滯力和隨機(jī)力里面了，因?yàn)槟阋呀?jīng)在使用隱式溶劑(implicit solvent)，這兩項(xiàng)對(duì)于表征溶劑對(duì)高分子的影響已經(jīng)基本夠用了。如果你要用顯式溶劑（explicit solvent）來(lái)具體化溶劑的作用力，那你就得把每個(gè)溶劑分子都表示出來(lái)，這時(shí)就不太適合用Browian dynamics了，直接上MD。 如果你需要更復(fù)雜的溶劑力，這時(shí)你需要考慮hydrodynamic interaction，也就是說(shuō)一個(gè)粒子的運(yùn)動(dòng)使它周圍的溶劑產(chǎn)生了流動(dòng)，這些溶劑的流動(dòng)又影響了其他粒子。Hydrodynamic interaction的處理涉及diffusion tensor的選擇，詳細(xì)信息可以看McCammon最早那篇關(guān)于Browian dynamics的文章 J. Chem. Phys. Vol 69, No. 4, 1978 帶有hydrodynamic interaction的Browian dynamics模擬lammps不能做，必須自己改代碼，并且hydrodynamic interaction是個(gè)長(zhǎng)程作用，算起來(lái)很復(fù)雜很慢，對(duì)于新手不建議做這個(gè)。 看不懂你第二個(gè)問(wèn)題。 |
hlq31752樓2014-07-23 09:21:19
hlq3175
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涉及hydrodynamic interaction (HI)的brownian dynamics (BD)通常都是自編程，所以如果你編程能力不行的話建議就不要在這個(gè)上面浪費(fèi)時(shí)間了，況且你也不知道加了HI之后能對(duì)你的體系有多大影響。不過(guò)如果你在文獻(xiàn)中看到有人做了帶HI的BD，可以找他們要代碼（有些課題組代碼會(huì)放在網(wǎng)站上）。 如果你有一點(diǎn)編程基礎(chǔ)，能夠大致看懂lammps代碼的結(jié)構(gòu)，那么可以一試。有HI和沒(méi)有HI的BD相比，主要區(qū)別在于：1. 隨機(jī)力的獲得不像普通BD那樣只要一個(gè)隨機(jī)數(shù)生成器就行了，需要做Cholesky Decomposition（這個(gè)比較費(fèi)時(shí)，參見(jiàn)J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 242–256）2. Diffusion tensor的計(jì)算是個(gè)長(zhǎng)程相互作用，也比較費(fèi)時(shí)，當(dāng)然可以考慮HI的屏蔽效應(yīng)（J. Chem. Phys. 139, 121922 (2013)），或者采用比較大的截?cái)喟霃�。總之，即便你把HI成功加到lammps代碼里，計(jì)算速度也會(huì)慢不少，如果沒(méi)有足夠的計(jì)算資源，不建議嘗試。 我還是不太懂你的第二個(gè)問(wèn)題。假如之前你是把整個(gè)聚合物粗�；纱笄蜃鯞D，那么你當(dāng)然可以把聚合物分成單體，每個(gè)單體聚合物做粗�；⒂靡粋�(gè)彈簧連接起來(lái)再跑BD。 |
4樓2014-07-25 12:47:05
hlq3175
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http://gepard.bioinformatik.uni- ... e-brownian-dynamics 這個(gè)軟件也許能做含HI的BD。 |
6樓2014-07-26 10:23:41
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