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hlq3175木蟲 (正式寫手)
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[求助]
【求助】關于聚合物鏈加溶劑力的Brawnian動力學模擬 已有1人參與
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| 請教個問大神幾個關于Brawnian動力學模擬的問題對于聚合物納米顆粒體系不考慮溶劑力效應的布朗動力學模擬可以通過Lammps實現(xiàn)，但是對于考慮溶劑力作用的模擬，該如何實現(xiàn)呢？還有一個問題就是，對于聚合物本身我們可以看作它是符合布朗動力學模擬的，但是對于聚合物的每個鏈接，假如我也要處理成符合布朗動力學模擬，這又該如何實現(xiàn)？謝謝大家了。 |
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月只藍: 金幣+3, 感謝指導！ 2014-07-26 14:11:49
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月只藍: 金幣+3, 感謝指導！ 2014-07-26 14:11:49
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涉及hydrodynamic interaction (HI)的brownian dynamics (BD)通常都是自編程，所以如果你編程能力不行的話建議就不要在這個上面浪費時間了，況且你也不知道加了HI之后能對你的體系有多大影響。不過如果你在文獻中看到有人做了帶HI的BD，可以找他們要代碼（有些課題組代碼會放在網(wǎng)站上）。 如果你有一點編程基礎，能夠大致看懂lammps代碼的結構，那么可以一試。有HI和沒有HI的BD相比，主要區(qū)別在于：1. 隨機力的獲得不像普通BD那樣只要一個隨機數(shù)生成器就行了，需要做Cholesky Decomposition（這個比較費時，參見J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 242–256）2. Diffusion tensor的計算是個長程相互作用，也比較費時，當然可以考慮HI的屏蔽效應（J. Chem. Phys. 139, 121922 (2013)），或者采用比較大的截斷半徑。總之，即便你把HI成功加到lammps代碼里，計算速度也會慢不少，如果沒有足夠的計算資源，不建議嘗試。 我還是不太懂你的第二個問題。假如之前你是把整個聚合物粗�；纱笄蜃鯞D，那么你當然可以把聚合物分成單體，每個單體聚合物做粗�；⒂靡粋�彈簧連接起來再跑BD。 |
4樓2014-07-25 12:47:05
lsloneil
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溶劑的力已經(jīng)包含在粘滯力和隨機力里面了，因為你已經(jīng)在使用隱式溶劑(implicit solvent)，這兩項對于表征溶劑對高分子的影響已經(jīng)基本夠用了。如果你要用顯式溶劑（explicit solvent）來具體化溶劑的作用力，那你就得把每個溶劑分子都表示出來，這時就不太適合用Browian dynamics了，直接上MD。 如果你需要更復雜的溶劑力，這時你需要考慮hydrodynamic interaction，也就是說一個粒子的運動使它周圍的溶劑產(chǎn)生了流動，這些溶劑的流動又影響了其他粒子。Hydrodynamic interaction的處理涉及diffusion tensor的選擇，詳細信息可以看McCammon最早那篇關于Browian dynamics的文章 J. Chem. Phys. Vol 69, No. 4, 1978 帶有hydrodynamic interaction的Browian dynamics模擬lammps不能做，必須自己改代碼，并且hydrodynamic interaction是個長程作用，算起來很復雜很慢，對于新手不建議做這個。 看不懂你第二個問題。 |
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hlq31752樓2014-07-23 09:21:19
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