 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1100 | 回復(fù): 5 | ||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||||
hlq3175木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
【求助】關(guān)于聚合物鏈加溶劑力的Brawnian動力學(xué)模擬 已有1人參與
|
|||
| 請教個問大神幾個關(guān)于Brawnian動力學(xué)模擬的問題對于聚合物納米顆粒體系不考慮溶劑力效應(yīng)的布朗動力學(xué)模擬可以通過Lammps實現(xiàn)，但是對于考慮溶劑力作用的模擬，該如何實現(xiàn)呢？還有一個問題就是，對于聚合物本身我們可以看作它是符合布朗動力學(xué)模擬的，但是對于聚合物的每個鏈接，假如我也要處理成符合布朗動力學(xué)模擬，這又該如何實現(xiàn)？謝謝大家了。 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 Immiscible的淘貼 |
» 猜你喜歡
343求調(diào)劑085601
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
08工科求調(diào)劑286
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
337求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
329求調(diào)劑，一志愿西北工業(yè)大學(xué)，材料工程（085601）
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿北京化工大學(xué)材料與化工（085600）296求調(diào)劑
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
299求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
面上5B能上會嗎？
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
322求調(diào)劑：一志愿湖南大學(xué) 材料與化工（085600），已過六級。
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
085600 材料與化工 329分求調(diào)劑
已經(jīng)有14人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 【求助】分子動力學(xué)的溶劑化分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
hlq3175
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 2378.8
- 散金: 107
- 紅花: 4
- 帖子: 444
- 在線: 301.2小時
- 蟲號: 870062
- 注冊: 2009-10-12
- 性別: MM
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
送紅花一朵 
3樓2014-07-25 08:09:37
lsloneil
專家顧問 (正式寫手)
-
專家經(jīng)驗: +49 - 模擬EPI: 2
- 應(yīng)助: 148 (高中生)
- 金幣: 8640.9
- 散金: 507
- 紅花: 30
- 帖子: 505
- 在線: 598.4小時
- 蟲號: 556471
- 注冊: 2008-05-11
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
- 管轄: 分子模擬
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
hlq3175: 金幣+20, ★★★很有幫助, 非常感謝 2014-07-25 08:01:44
月只藍: 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-07-26 14:11:40
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
hlq3175: 金幣+20, ★★★很有幫助, 非常感謝 2014-07-25 08:01:44
月只藍: 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-07-26 14:11:40
|
溶劑的力已經(jīng)包含在粘滯力和隨機力里面了，因為你已經(jīng)在使用隱式溶劑(implicit solvent)，這兩項對于表征溶劑對高分子的影響已經(jīng)基本夠用了。如果你要用顯式溶劑（explicit solvent）來具體化溶劑的作用力，那你就得把每個溶劑分子都表示出來，這時就不太適合用Browian dynamics了，直接上MD。 如果你需要更復(fù)雜的溶劑力，這時你需要考慮hydrodynamic interaction，也就是說一個粒子的運動使它周圍的溶劑產(chǎn)生了流動，這些溶劑的流動又影響了其他粒子。Hydrodynamic interaction的處理涉及diffusion tensor的選擇，詳細信息可以看McCammon最早那篇關(guān)于Browian dynamics的文章 J. Chem. Phys. Vol 69, No. 4, 1978 帶有hydrodynamic interaction的Browian dynamics模擬lammps不能做，必須自己改代碼，并且hydrodynamic interaction是個長程作用，算起來很復(fù)雜很慢，對于新手不建議做這個。 看不懂你第二個問題。 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
2樓2014-07-23 09:21:19
lsloneil
專家顧問 (正式寫手)
-
專家經(jīng)驗: +49 - 模擬EPI: 2
- 應(yīng)助: 148 (高中生)
- 金幣: 8640.9
- 散金: 507
- 紅花: 30
- 帖子: 505
- 在線: 598.4小時
- 蟲號: 556471
- 注冊: 2008-05-11
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
- 管轄: 分子模擬
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hlq3175: 金幣+10, ★★★★★最佳答案, 謝謝您的耐心解答 2014-07-25 14:14:32
月只藍: 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-07-26 14:11:49
hlq3175: 金幣+10, ★★★★★最佳答案, 謝謝您的耐心解答 2014-07-25 14:14:32
月只藍: 金幣+3, 感謝指導(dǎo)！ 2014-07-26 14:11:49
|
涉及hydrodynamic interaction (HI)的brownian dynamics (BD)通常都是自編程，所以如果你編程能力不行的話建議就不要在這個上面浪費時間了，況且你也不知道加了HI之后能對你的體系有多大影響。不過如果你在文獻中看到有人做了帶HI的BD，可以找他們要代碼（有些課題組代碼會放在網(wǎng)站上）。 如果你有一點編程基礎(chǔ)，能夠大致看懂lammps代碼的結(jié)構(gòu)，那么可以一試。有HI和沒有HI的BD相比，主要區(qū)別在于：1. 隨機力的獲得不像普通BD那樣只要一個隨機數(shù)生成器就行了，需要做Cholesky Decomposition（這個比較費時，參見J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 242–256）2. Diffusion tensor的計算是個長程相互作用，也比較費時，當(dāng)然可以考慮HI的屏蔽效應(yīng)（J. Chem. Phys. 139, 121922 (2013)），或者采用比較大的截斷半徑�？傊�，即便你把HI成功加到lammps代碼里，計算速度也會慢不少，如果沒有足夠的計算資源，不建議嘗試。 我還是不太懂你的第二個問題。假如之前你是把整個聚合物粗�；纱笄蜃鯞D，那么你當(dāng)然可以把聚合物分成單體，每個單體聚合物做粗�；⒂靡粋�彈簧連接起來再跑BD。 |
4樓2014-07-25 12:47:05
hlq3175
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 2378.8
- 散金: 107
- 紅花: 4
- 帖子: 444
- 在線: 301.2小時
- 蟲號: 870062
- 注冊: 2009-10-12
- 性別: MM
- 專業(yè): 高分子合成化學(xué)
5樓2014-07-25 14:17:21
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考博] 26申博自薦 +5 | whh869393 2026-03-24 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +13 | Micky11223 2026-03-25 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 青春裁為三截 2026-03-29 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 2026年華南師范大學(xué)歡迎化學(xué)，化工，生物，生醫(yī)工等專業(yè)優(yōu)秀學(xué)子加入！ +3 | llss0711 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩333求調(diào)劑 +11 | 北道巷 2026-03-24 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué) +11 | 妮妮ninicgb 2026-03-27 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 289求調(diào)劑 +13 | 新時代材料 2026-03-27 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | 蘆lty 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +8 | 邱gl 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085602 307分 求調(diào)劑 +7 | 不知道叫什么！ 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 07化學(xué)280分求調(diào)劑 +10 | 722865 2026-03-23 | 10/500 |
|
|
|
[考博] 26申博 +3 | 加油沖啊！ 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600，材料與化工321分，求調(diào)劑 +9 | 大饞小子 2026-03-27 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | question挽風(fēng) 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 +5 | .m.. 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +4 | lim0922 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料調(diào)劑 +8 | 匹克i 2026-03-23 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求b區(qū)院校調(diào)劑 +4 | 周56 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +7 | 加一一九 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 341求調(diào)劑(一志愿湖南大學(xué)070300) +5 | 番茄頭--- 2026-03-22 | 6/300 |
|