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cyanobacter金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
高通量數(shù)據(jù)做本地blast時(shí)，如何將97%以上的比對(duì)結(jié)果全部顯示出來(lái)？ 已有3人參與
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各位蟲(chóng)友，我有一批16S的高通量數(shù)據(jù)，然后我現(xiàn)在想做一個(gè)本地blast，把我手上的一部分序列（isolate.fasta）與高通量數(shù)據(jù)進(jìn)行blast，然后把所有高于97%的結(jié)果全部顯示出來(lái)，請(qǐng)大家?guī)兔Α?br />
我是這樣做的，首先用格式化本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)（即16S高通量數(shù)據(jù)515F-907R.format.fq.fasta），用的是formatdb命令 formatdb -i 515F-907R.format.fq.fasta -p F -t My database -o T 然后生成三個(gè)擴(kuò)展名分別是：.pin、.psq、.phr的文件，然后就開(kāi)始進(jìn)行本地blast，用blastall命令 blastall -p blastn -i isolate.fasta -d 515F-907R.format.fq.fasta -o myresult.blastout -T T -e 1e-10 -m 9 這樣運(yùn)行出來(lái)會(huì)有一個(gè)所有isolate.fasta的序列與庫(kù)序列比對(duì)的結(jié)果，但是每個(gè)比對(duì)結(jié)果只顯示前250個(gè)，有些可能比到第250個(gè)相似性也是99%以上，就說(shuō)說(shuō)還有許多庫(kù)序列與query的相似性高于97%，但是這部分就不顯示出來(lái)了。 請(qǐng)問(wèn)一下大家，可以用什么程序解決這個(gè)問(wèn)題，可不可以設(shè)置一個(gè)97%的閾值，比對(duì)高于這個(gè)值得全部顯示出來(lái)，低于97%的不顯示。剛剛接觸生物信息方面的工作，很多不太清楚，謝謝大家?guī)兔Γ? |
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cyanobacter
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2樓2014-08-29 22:15:34
3樓2014-08-29 22:19:20
liuderong
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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樓主試一下-v參數(shù)吧！ -v參數(shù)和-b參數(shù)： 這兩個(gè)參數(shù)都是限制輸出結(jié)果的數(shù)量的。 -v (integer)：規(guī)定輸出中每一個(gè)query的比對(duì)列表最多顯示subject個(gè)數(shù)（即"Sequences producing significant alignments:"后面列出的subjects數(shù)目），缺省為500條。 -b (integer)：規(guī)定輸出中每個(gè)query最多顯示與多少條subject的比對(duì)條形圖（即每條query的結(jié)果中">"的個(gè)數(shù)），缺省為250條。 如果同時(shí)使用"-m 8"參數(shù)，則輸出結(jié)果中的subjects數(shù)量和"-b"參數(shù)規(guī)定的數(shù)量一致。 在database數(shù)據(jù)中能和query比上的subjects過(guò)多的時(shí)候，這兩個(gè)參數(shù)就能夠幫助我們把其中比對(duì)結(jié)果最好的一部分挑出來(lái)，屏蔽掉相對(duì)差的結(jié)果。當(dāng)然有些時(shí)候我們是不希望屏蔽掉這些結(jié)果的，比如在某個(gè)大基因組的Contig數(shù)據(jù)集中統(tǒng)計(jì)一條轉(zhuǎn)座子的重復(fù)次數(shù)，就需要把"-v"和"-b"參數(shù)定的足夠大以顯示所有結(jié)果。 |
4樓2014-08-29 23:52:41
catinshen
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cyanobacter
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7樓2014-08-31 13:05:57
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你解決這個(gè)問(wèn)題了嗎？我做的是找出不同的片段，也是要找出相似度很低的片段，但是比對(duì)的結(jié)果太多，而且因?yàn)槭峭�，所以給出的結(jié)果都是相似度很好的片段。跪求解答 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
8樓2017-04-09 16:04:43
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