 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2386 | 回復: 4 | ||
[求助]
測轉錄組遇到的一個問題 求高手解答 已有1人參與
|
|
最近在華大測了個轉錄組，基本所有東西都是分析好的 在看數(shù)據(jù)的時候遇到一個問題： 沒有參考基因組，得到幾萬個unigene�，F(xiàn)在用Nr數(shù)據(jù)庫注釋到的基因比如是n個，但是同時用Nr數(shù)據(jù)庫預測CDS的時候，居然<n,這種情況怎么理解 我想的是基因注釋做blast，unigene和NR庫里的數(shù)據(jù)比對，哪怕不在CDS區(qū)也算是注釋上？可能在非編碼區(qū)比對上了也就算注釋上了。 還有 我得到的cds序列不是從起始密碼子開始，是不是轉錄組CDS預測不一定得到完整的cds 因為涉及到數(shù)據(jù)注釋的一些問題了，也不太了解，求高手解答 |
回復此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實驗中的趣事：實驗器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗中的趣事：和實驗材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復
-
化學工程及工業(yè)化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有74人回復
-
蛋白質檢測：精準分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴謹設計，解析生命機制的重要載體
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標南京
已經(jīng)有0人回復
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 請問轉錄組測序中的index是什么意思，與adapter有什么區(qū)別？
已經(jīng)有6人回復
- 基因芯片和測序的區(qū)別于聯(lián)系。
已經(jīng)有10人回復
- 測序測不出來，求高手解答
已經(jīng)有7人回復
- 請教，有轉錄組高通量測序的得到的差異表達基因，篩選幾個基因出來進行功能鑒定
已經(jīng)有9人回復
- 求助轉錄組測序完成后，后續(xù)熒光定量、基因克隆引物設計問題
已經(jīng)有8人回復
- 有沒有人做過植物方面的轉錄組測序？
已經(jīng)有5人回復
- SOS，求助，NCBI上引物比對問題
已經(jīng)有6人回復
- 求轉錄組測序相關文章
已經(jīng)有14人回復
- 酶標儀使用遇到的一些問題
已經(jīng)有3人回復
- 有關轉錄組測序的兩個問題，謝謝！
已經(jīng)有3人回復
- 轉錄組測序回來后。。。。。。。。。。
已經(jīng)有3人回復
- 轉錄組測序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些問題，求解答
已經(jīng)有5人回復
- 轉錄組測序投稿
已經(jīng)有5人回復
- 急！急！急！對轉錄組測序結果進行驗證，如何選定基因
已經(jīng)有9人回復
- 轉錄組測序還是基因組測序？
已經(jīng)有6人回復
- 請教轉錄組測序公司哪家好？
已經(jīng)有5人回復
- 《求助》 轉錄組樣品，混合與分開測序的區(qū)別？�。�！
已經(jīng)有13人回復
- Illumina solexa轉錄組測序
已經(jīng)有8人回復
- 植物轉錄組測序
已經(jīng)有19人回復
- 轉錄組測序 可行性
已經(jīng)有12人回復
- 求高人翻譯關于水稻轉錄組測序的一段摘要
已經(jīng)有1人回復
- 求助 高通量測序
已經(jīng)有3人回復
- 反轉錄高手進來~~
已經(jīng)有8人回復
- 【求助/交流】NCBI blast 具體
已經(jīng)有8人回復
growlywolf
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 39 (小學生)
- 金幣: 3078
- 散金: 1111
- 紅花: 10
- 帖子: 233
- 在線: 87.5小時
- 蟲號: 2454017
- 注冊: 2013-05-08
- 專業(yè): 生物信息學
【答案】應助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
大爺給跪了(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵熱心回帖交流 2014-05-06 18:06:17
感謝參與，應助指數(shù) +1
大爺給跪了(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵熱心回帖交流 2014-05-06 18:06:17
|
第一，ncbi nr數(shù)據(jù)庫不是萬能的，很多基因，尤其是近年來高通量測序得到的基因并不包含在該數(shù)據(jù)庫中。 第二，unigene是用轉錄組測序的結果直接拼接然后去冗余得到的，在進行注釋的時候，不僅僅是參考nr數(shù)據(jù)庫。在數(shù)據(jù)庫中沒有同源序列，但有RNA-Seq數(shù)據(jù)支持的也算unigene，注釋可能就是unknown protein. 第三，RNA-Seq是要把cDNA打斷后建立短片段測序文庫，因此不一定能拼接出完整的轉錄本。另一方面，真實的cDNA也是有UTR的，不是從ATG開始。 |
2樓2014-05-06 11:44:14
3樓2014-05-06 16:57:09
growlywolf
金蟲 (小有名氣)
- 應助: 39 (小學生)
- 金幣: 3078
- 散金: 1111
- 紅花: 10
- 帖子: 233
- 在線: 87.5小時
- 蟲號: 2454017
- 注冊: 2013-05-08
- 專業(yè): 生物信息學
4樓2014-05-07 09:29:44
5樓2015-09-29 18:32:18
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 大爺給跪了 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 281求調劑（0805） +3 | 煙汐憶海 2026-03-16 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 268求調劑 +3 | 簡單點0 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
[基金申請] 被我言中：新模板不強調格式了，假專家開始管格式了 +4 | beefly 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 344求調劑 +4 | knight344 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學工程321分求調劑 +11 | 大米飯！ 2026-03-15 | 14/700 |
|
|
|
[考博] 26申博 +4 | 八旬速覽 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 278求調劑 +3 | Yy7400 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 化學調劑0703 +8 | 啊我我的 2026-03-11 | 8/400 |
|
|
|
[考研]
 機械專碩調劑
+3
|
笨笨兔子 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 中科大材料與化工319求調劑 +3 | 孟鑫材料 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[基金申請] 現(xiàn)在如何回避去年的某一個專家，不知道名字 +3 | zk200107 2026-03-12 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 255求調劑 +3 | 李嘉慧， 2026-03-12 | 4/200 |
|
|
|
[考研] ［0860］321分求調劑，ab區(qū)皆可 +4 | 寶貴熱 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 290求調劑 +9 | ADT 2026-03-11 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 333求調劑 +3 | 球球古力 2026-03-11 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料工程調劑 +4 | 咪咪空空 2026-03-11 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調劑 +5 | 一定有學上- 2026-03-12 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 工科材料085601 279求調劑 +8 | 困于星晨 2026-03-12 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿山大07化學 332分 四六級已過 本科山東雙非 求調劑！ +3 | 不想理你 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 289求調劑 +3 | 李政瑩 2026-03-12 | 3/150 |
|