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測轉(zhuǎn)錄組遇到的一個問題 求高手解答 已有1人參與
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最近在華大測了個轉(zhuǎn)錄組，基本所有東西都是分析好的 在看數(shù)據(jù)的時候遇到一個問題： 沒有參考基因組，得到幾萬個unigene�，F(xiàn)在用Nr數(shù)據(jù)庫注釋到的基因比如是n個，但是同時用Nr數(shù)據(jù)庫預(yù)測CDS的時候，居然<n,這種情況怎么理解 我想的是基因注釋做blast，unigene和NR庫里的數(shù)據(jù)比對，哪怕不在CDS區(qū)也算是注釋上？可能在非編碼區(qū)比對上了也就算注釋上了。 還有 我得到的cds序列不是從起始密碼子開始，是不是轉(zhuǎn)錄組CDS預(yù)測不一定得到完整的cds 因為涉及到數(shù)據(jù)注釋的一些問題了，也不太了解，求高手解答 |
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growlywolf
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
大爺給跪了(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵熱心回帖交流 2014-05-06 18:06:17
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大爺給跪了(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵熱心回帖交流 2014-05-06 18:06:17
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第一，ncbi nr數(shù)據(jù)庫不是萬能的，很多基因，尤其是近年來高通量測序得到的基因并不包含在該數(shù)據(jù)庫中。 第二，unigene是用轉(zhuǎn)錄組測序的結(jié)果直接拼接然后去冗余得到的，在進行注釋的時候，不僅僅是參考nr數(shù)據(jù)庫。在數(shù)據(jù)庫中沒有同源序列，但有RNA-Seq數(shù)據(jù)支持的也算unigene，注釋可能就是unknown protein. 第三，RNA-Seq是要把cDNA打斷后建立短片段測序文庫，因此不一定能拼接出完整的轉(zhuǎn)錄本。另一方面，真實的cDNA也是有UTR的，不是從ATG開始。 |
2樓2014-05-06 11:44:14
3樓2014-05-06 16:57:09
growlywolf
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4樓2014-05-07 09:29:44
5樓2015-09-29 18:32:18
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