 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2387 | 回復(fù): 4 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
[求助]
測(cè)轉(zhuǎn)錄組遇到的一個(gè)問題 求高手解答 已有1人參與
|
||
|
最近在華大測(cè)了個(gè)轉(zhuǎn)錄組，基本所有東西都是分析好的 在看數(shù)據(jù)的時(shí)候遇到一個(gè)問題： 沒有參考基因組，得到幾萬個(gè)unigene�，F(xiàn)在用Nr數(shù)據(jù)庫(kù)注釋到的基因比如是n個(gè)，但是同時(shí)用Nr數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)CDS的時(shí)候，居然<n,這種情況怎么理解 我想的是基因注釋做blast，unigene和NR庫(kù)里的數(shù)據(jù)比對(duì)，哪怕不在CDS區(qū)也算是注釋上？可能在非編碼區(qū)比對(duì)上了也就算注釋上了。 還有 我得到的cds序列不是從起始密碼子開始，是不是轉(zhuǎn)錄組CDS預(yù)測(cè)不一定得到完整的cds 因?yàn)樯婕暗綌?shù)據(jù)注釋的一些問題了，也不太了解，求高手解答 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：實(shí)驗(yàn)器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：和實(shí)驗(yàn)材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有239人回復(fù)
-
蛋白質(zhì)檢測(cè)：精準(zhǔn)分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測(cè)：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測(cè)重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 請(qǐng)問轉(zhuǎn)錄組測(cè)序中的index是什么意思，與adapter有什么區(qū)別？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 基因芯片和測(cè)序的區(qū)別于聯(lián)系。
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 測(cè)序測(cè)不出來，求高手解答
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 請(qǐng)教，有轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序的得到的差異表達(dá)基因，篩選幾個(gè)基因出來進(jìn)行功能鑒定
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 求助轉(zhuǎn)錄組測(cè)序完成后，后續(xù)熒光定量、基因克隆引物設(shè)計(jì)問題
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 有沒有人做過植物方面的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- SOS，求助，NCBI上引物比對(duì)問題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 求轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相關(guān)文章
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 酶標(biāo)儀使用遇到的一些問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 有關(guān)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的兩個(gè)問題，謝謝！
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序回來后。。。。。。。。。。
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些問題，求解答
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序投稿
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 急！急！急！對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證，如何選定基因
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序還是基因組測(cè)序？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 請(qǐng)教轉(zhuǎn)錄組測(cè)序公司哪家好？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 《求助》 轉(zhuǎn)錄組樣品，混合與分開測(cè)序的區(qū)別？�。�！
已經(jīng)有13人回復(fù)
- Illumina solexa轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 植物轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 可行性
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 求高人翻譯關(guān)于水稻轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的一段摘要
已經(jīng)有1人回復(fù)
- 求助 高通量測(cè)序
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 反轉(zhuǎn)錄高手進(jìn)來~~
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助/交流】NCBI blast 具體
已經(jīng)有8人回復(fù)
3樓2014-05-06 16:57:09
growlywolf
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 39 (小學(xué)生)
- 金幣: 3078
- 散金: 1111
- 紅花: 10
- 帖子: 233
- 在線: 87.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 2454017
- 注冊(cè): 2013-05-08
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
大爺給跪了(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)熱心回帖交流 2014-05-06 18:06:17
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
大爺給跪了(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)熱心回帖交流 2014-05-06 18:06:17
|
第一，ncbi nr數(shù)據(jù)庫(kù)不是萬能的，很多基因，尤其是近年來高通量測(cè)序得到的基因并不包含在該數(shù)據(jù)庫(kù)中。 第二，unigene是用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的結(jié)果直接拼接然后去冗余得到的，在進(jìn)行注釋的時(shí)候，不僅僅是參考nr數(shù)據(jù)庫(kù)。在數(shù)據(jù)庫(kù)中沒有同源序列，但有RNA-Seq數(shù)據(jù)支持的也算unigene，注釋可能就是unknown protein. 第三，RNA-Seq是要把cDNA打斷后建立短片段測(cè)序文庫(kù)，因此不一定能拼接出完整的轉(zhuǎn)錄本。另一方面，真實(shí)的cDNA也是有UTR的，不是從ATG開始。 |
2樓2014-05-06 11:44:14
growlywolf
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 39 (小學(xué)生)
- 金幣: 3078
- 散金: 1111
- 紅花: 10
- 帖子: 233
- 在線: 87.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 2454017
- 注冊(cè): 2013-05-08
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
4樓2014-05-07 09:29:44
5樓2015-09-29 18:32:18
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
50