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測(cè)轉(zhuǎn)錄組遇到的一個(gè)問(wèn)題 求高手解答 已有1人參與
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最近在華大測(cè)了個(gè)轉(zhuǎn)錄組，基本所有東西都是分析好的 在看數(shù)據(jù)的時(shí)候遇到一個(gè)問(wèn)題： 沒(méi)有參考基因組，得到幾萬(wàn)個(gè)unigene。現(xiàn)在用Nr數(shù)據(jù)庫(kù)注釋到的基因比如是n個(gè)，但是同時(shí)用Nr數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)CDS的時(shí)候，居然<n,這種情況怎么理解 我想的是基因注釋做blast，unigene和NR庫(kù)里的數(shù)據(jù)比對(duì)，哪怕不在CDS區(qū)也算是注釋上？可能在非編碼區(qū)比對(duì)上了也就算注釋上了。 還有 我得到的cds序列不是從起始密碼子開(kāi)始，是不是轉(zhuǎn)錄組CDS預(yù)測(cè)不一定得到完整的cds 因?yàn)樯婕暗綌?shù)據(jù)注釋的一些問(wèn)題了，也不太了解，求高手解答 |
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growlywolf
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4樓2014-05-07 09:29:44
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
大爺給跪了(西門(mén)吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)熱心回帖交流 2014-05-06 18:06:17
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大爺給跪了(西門(mén)吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)熱心回帖交流 2014-05-06 18:06:17
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第一，ncbi nr數(shù)據(jù)庫(kù)不是萬(wàn)能的，很多基因，尤其是近年來(lái)高通量測(cè)序得到的基因并不包含在該數(shù)據(jù)庫(kù)中。 第二，unigene是用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的結(jié)果直接拼接然后去冗余得到的，在進(jìn)行注釋的時(shí)候，不僅僅是參考nr數(shù)據(jù)庫(kù)。在數(shù)據(jù)庫(kù)中沒(méi)有同源序列，但有RNA-Seq數(shù)據(jù)支持的也算unigene，注釋可能就是unknown protein. 第三，RNA-Seq是要把cDNA打斷后建立短片段測(cè)序文庫(kù)，因此不一定能拼接出完整的轉(zhuǎn)錄本。另一方面，真實(shí)的cDNA也是有UTR的，不是從ATG開(kāi)始。 |
2樓2014-05-06 11:44:14
3樓2014-05-06 16:57:09
一葉_孤城
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5樓2015-09-29 18:32:18
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