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小討厭123新蟲 (小有名氣)
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[求助]
用VMD生成的lammps data文件不對(duì) 是什么原因 已有1人參與
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先用MS建立水的模型 導(dǎo)出.pdf文件 然后用topo writelammpsdata 生成data文件 發(fā)現(xiàn)沒有angle 用msi2lmp也生成了data文件 兩個(gè)文件有很大差別 求大神指導(dǎo)是什么原因 用msi2lmp生成的data文件 用topo生成的data文件 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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注意兩點(diǎn): 1. LAMMPS的命令參數(shù)和文件格式變化比較頻繁，每次編譯新版本以后記得查看各個(gè)命令的格式 2. VMD的tcl格式的腳本比較靈活。打開VMD以后，從Extensions選擇 “Tk Console”來運(yùn)行腳本。 假設(shè)你的結(jié)構(gòu)文件是H2O.xyz, 嘗試搜索一些VMD的運(yùn)行例子和使用說明，熟悉以下的幾個(gè)命令， mol new H2O.xyz autobonds no waitfor all mol bondsrecalc top topo retypebonds topo guessangles topo guessdihedrals topo guessimpropers pbc set { 40.0 40.0 40.0 90.0 90.0 90.0 } topo writelammpsdata data.H2O 注意仔細(xì)觀察data.H2O的格式。VMD的更新沒有LAMMPS那么快，所以有時(shí)候Topo Tool plugin不一定對(duì)最新版的LAMMPS的data格式有效。你可能還需要一個(gè)小腳本來修改一下這個(gè)data.H2O文件。 LAMMPS準(zhǔn)備帶有鍵，角和二面角的輸入文件確實(shí)需要耐心和細(xì)心的。 祝好運(yùn)。 |
小討厭1232樓2014-09-05 11:30:58
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4樓2019-07-26 21:36:37
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