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jk射手座新蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
求助一個(gè)關(guān)于Linux下的VASP故障的問(wèn)題 已有1人參與
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首先描述一下前幾天我碰到的問(wèn)題：我用的是曙光服務(wù)器，其共有16個(gè)節(jié)點(diǎn)（相當(dāng)于是16個(gè)主機(jī)吧），安裝的5.的VASP軟件，好像是可以直接調(diào)用的那種（說(shuō)不太清，師兄告知這是別人幫忙安裝的）。那天因?yàn)樾┊惓Ｔ蚓W(wǎng)絡(luò)升級(jí)，服務(wù)器斷網(wǎng)，需要重啟；但是這樣一次災(zāi)難性的重啟導(dǎo)致我里面的數(shù)據(jù)全部丟失，包括往屆的師兄做的東西；另外更棘手的是VASP軟件不能正常運(yùn)行，我平時(shí)用的節(jié)點(diǎn) 有 3,4,7,8,9,11,12,14，16共9個(gè)節(jié)點(diǎn)，每次通過(guò)SSH遠(yuǎn)程客戶(hù)端登陸終端是直接登上的16節(jié)點(diǎn)；如果ssh node轉(zhuǎn)換到其它節(jié)點(diǎn)上時(shí)，會(huì)提示： -bash: /public/software/intel/bin/iccvars.sh: 娌℃椋涓浠舵玨? -bash: /public/software/intel/bin/ifortvars.sh: 娌℃椋涓浠舵玨? 其中后邊那幾個(gè)亂碼意思是找不到該文件； 我給曙光的售后維修部電話(huà)咨詢(xún)過(guò)，通過(guò)描述他們說(shuō)應(yīng)該不是服務(wù)器硬件的問(wèn)題；我猜測(cè)可能是因?yàn)樵谥貑⒌臅r(shí)候我冷啟動(dòng)了控制服務(wù)器的那臺(tái)電腦主機(jī)的按鈕，不然我實(shí)在是想不出是哪步出錯(cuò)能讓linux 系統(tǒng)里的那些血汗數(shù)據(jù)丟失（幸虧有一些備份）；因?yàn)橐郧霸谛枰貑⒌臅r(shí)候，沒(méi)有一次出現(xiàn)這么慘重的狀況； 出現(xiàn)故障后，打算重新編譯VASP重新補(bǔ)算一些東西，學(xué)習(xí)編譯安裝的過(guò)程中，我發(fā)現(xiàn)16節(jié)點(diǎn)，也就是剛登陸就登上的那個(gè)終端可以進(jìn)行計(jì)算了，只是登陸時(shí)SSH上還會(huì)顯示上面那兩條提示說(shuō) iccvars.sh ifortvars.sh找不到（這兩個(gè)好像是編譯器的文件），但是ssh node換到其他節(jié)點(diǎn)依然計(jì)算不了，這一系列的問(wèn)題下來(lái)搞得我這個(gè)工科非計(jì)算機(jī)的屌絲蒙了又蒙，周?chē)鷽](méi)有人懂這個(gè)東西； 發(fā)此貼也是想碰碰運(yùn)氣，看看有沒(méi)有人能想到一些端倪，（當(dāng)然我也知道我的描述挺亂的，沒(méi)辦法，這問(wèn)題本身就夠讓我蒙的了）因?yàn)槟壳拔腋杏X(jué)好像是應(yīng)該在服務(wù)器那邊設(shè)置什么東西，讓其他8個(gè)節(jié)點(diǎn)與16節(jié)點(diǎn)的東西共享，這樣都可以算；或者是丟失那些數(shù)據(jù)的同時(shí)丟失了什么編譯器之類(lèi)的根文件，挨個(gè)節(jié)點(diǎn)重新安裝一下應(yīng)該就能好；但是這些我都無(wú)從下手； 現(xiàn)在是只有一個(gè)節(jié)點(diǎn)在跑我剩余的任務(wù)，可是還是想能把服務(wù)器的這個(gè)毛病搞好，求大神指點(diǎn)！阿彌陀佛  |
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jk射手座
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2樓2014-09-11 15:30:51
KalaShayminS
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jk射手座: 金幣+10, ★有幫助 2014-09-21 17:20:11
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jk射手座: 金幣+10, ★有幫助 2014-09-21 17:20:11
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檢查/public/software/intel/這個(gè)目錄是否存在。 根據(jù)你的描述，我猜測(cè)是服務(wù)器的NFS系統(tǒng)壞了，根本沒(méi)連接到硬盤(pán)上。 在登陸節(jié)點(diǎn)和其他機(jī)器上使用命令 df 看看有啥輸出。 另外intel的確實(shí)關(guān)了，建議先用gfortran，速度差距不到一個(gè)數(shù)量級(jí)，可以用。 |
3樓2014-09-12 03:10:28
jk射手座
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十分感謝你的回復(fù)！ 首先那個(gè)目錄在出問(wèn)題之后我就查了，確實(shí)沒(méi)了，那兩個(gè) ifortvars.sh iccvars.sh 也沒(méi)有了，我以前查看過(guò)，在linux系統(tǒng)里是和vasp一樣的圖標(biāo)，所以我猜應(yīng)該也是什么程序軟件的東西。 剛才照您說(shuō)的df了一下，顯示是這樣的 [root@node16 ~]# df Filesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on /dev/sdb3 134041452 21086912 106035748 17% / /dev/sdb1 101086 64468 31399 68% /boot tmpfs 3903896 0 3903896 0% /dev/shm 這個(gè)是在16節(jié)點(diǎn)上出來(lái)的信息，換了其它節(jié)點(diǎn)，比如8節(jié)點(diǎn)： [root@node8 ~]# df 驛歡緋葷? 1K-? 宸茬? 瀵紼 宸茬? 驊澆綣 /dev/mapper/VolGroup00-LogVol00 128806444 5692620 116465200 5% / /dev/sda1 101086 12784 83083 14% /boot tmpfs 4123096 0 4123096 0% /dev/shm 是這樣的，亂碼就是Filesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on 翻譯過(guò)來(lái)的漢字；（在控制服務(wù)器的那臺(tái)主機(jī)上查看能看到是漢字，這個(gè)亂碼是我通過(guò)SSH遠(yuǎn)程客戶(hù)端查看的，會(huì)顯示出亂碼）；其它的節(jié)點(diǎn)df出來(lái)的東西基本是一樣的，只是Used那一列數(shù)據(jù)有差異； 不過(guò)這么看的話(huà)，好像其它8個(gè)的節(jié)點(diǎn)的這些數(shù)據(jù)差不多都比16節(jié)點(diǎn)的小啊。。請(qǐng)問(wèn)這個(gè)是說(shuō)明了什么？ |
4樓2014-09-12 09:21:22
KalaShayminS
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5樓2014-09-12 17:17:21
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嗯我用了下，16節(jié)點(diǎn)的顯示的是： [root@node16 1.5]# cat /etc/fstab LABEL=/ / ext3 defaults 1 1 LABEL=/boot /boot ext3 defaults 1 2 tmpfs /dev/shm tmpfs defaults 0 0 devpts /dev/pts devpts gid=5,mode=620 0 0 sysfs /sys sysfs defaults 0 0 proc /proc proc defaults 0 0 LABEL=SWAP-sda2 swap swap defaults 0 0 其它的我試了下3 和8節(jié)點(diǎn)，是這樣的： [root@node8 ~]# cat /etc/fstab /dev/VolGroup00/LogVol00 / ext3 defaults 1 1 LABEL=/boot /boot ext3 defaults 1 2 tmpfs /dev/shm tmpfs defaults 0 0 devpts /dev/pts devpts gid=5,mode=620 0 0 sysfs /sys sysfs defaults 0 0 proc /proc proc defaults 0 0 /dev/VolGroup00/LogVol01 swap swap defaults 0 0 好像沒(méi)太大區(qū)別。話(huà)說(shuō)，150G硬盤(pán)是怎么看出來(lái)的？cluster代表的什么呀，門(mén)外漢表示看不懂鴨梨很大  |
6樓2014-09-12 20:19:25
jk射手座
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7樓2014-09-14 16:48:01
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