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katrina_yao

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[求助] 求助已知真菌基因組DNA序列如何預測cDNA序列？已有1人參與

請教各位，如何根據已知真菌基因組DNA序列預測cDNA序列，怎樣才能預測到哪些是內含子，然后設計相應的特異性引物對反轉錄的cDNA進行PCR。謝謝啦~

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1樓 2014-09-18 22:58:14

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katrina_yao(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵回帖交流 2014-09-19 16:35:08

試一下NCBI里頭的blastX，應該可以大概給出一些同源蛋白，然后根據保守區(qū)推測開放閱讀框。http://blast.st-va.ncbi.nlm.nih. ... ;LINK_LOC=blasthome

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2樓2014-09-18 23:17:21

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2樓: Originally posted by liuderong at 2014-09-18 23:17:21
試一下NCBI里頭的blastX，應該可以大概給出一些同源蛋白，然后根據保守區(qū)推測開放閱讀框。http://blast.st-va.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastx&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome...

能否說具體些呢？得到了這樣一個圖，但我不會分析了···

QQ圖片20140919202635.jpg

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3樓2014-09-19 20:27:00

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3樓: Originally posted by katrina_yao at 2014-09-19 20:27:00
能否說具體些呢？得到了這樣一個圖，但我不會分析了···

QQ圖片20140919202635.jpg
...

你的基因里有一個比較明顯的PKS結構域。網站的結果里除了這個圖外還會給出一些相似度比較高的蛋白序列，你仔細看看，找出這些相似高的蛋白就以它們?yōu)榛A推測你的目的序列。

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4樓2014-09-19 22:53:24

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4樓: Originally posted by liuderong at 2014-09-19 22:53:24
你的基因里有一個比較明顯的PKS結構域。網站的結果里除了這個圖外還會給出一些相似度比較高的蛋白序列，你仔細看看，找出這些相似高的蛋白就以它們?yōu)榛A推測你的目的序列。...

那是根據相似性高的蛋白的cDNA序列去推測我要的目的cDNA序列嗎？

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5樓2014-09-24 10:30:59

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5樓: Originally posted by katrina_yao at 2014-09-24 10:30:59
那是根據相似性高的蛋白的cDNA序列去推測我要的目的cDNA序列嗎？...

根據蛋白來推斷！蛋白的保守性比基因高很多，找出蛋白的保守結構域，然后一個氨基酸對應3個堿基推測cDNA

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6樓2014-09-24 19:14:41

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6樓: Originally posted by liuderong at 2014-09-24 19:14:41
根據蛋白來推斷！蛋白的保守性比基因高很多，找出蛋白的保守結構域，然后一個氨基酸對應3個堿基推測cDNA...

我剛開始接觸分子生物學，可不可以再講明白些呢？感激不盡

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7樓2014-09-25 19:50:29

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