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peerlesszjh新蟲 (小有名氣)
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[求助]
模擬盒子里面水分子數(shù)目問題？？ 已有2人參與
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| 我想問一下 一個(gè)�。担鞍５暮凶永锩娣哦嗌偎肿硬庞�(jì)算合理啊我算了下用實(shí)際的密度只放的了４個(gè)水分子啊。。但是我看文獻(xiàn)咋里邊兒他們都有幾千個(gè)啊 文獻(xiàn)里面都是怎么確定密度和水分子數(shù)目的啊 ？？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
| MS里的Amorphous Cell模塊里的calculation在構(gòu)建水盒子的時(shí)候有一個(gè)地方是要填密度的（density），它的單位是g/cc，水的密度是1g/cc，如果你想要構(gòu)建一個(gè)2000個(gè)水的盒子，設(shè)置好密度，它自己會(huì)構(gòu)建出來，盒子邊長(zhǎng)應(yīng)該沒有超過50埃。另，如果你無法知道溶液的密度，可以先設(shè)一個(gè)大致的密度，然后NPT跑一下動(dòng)力學(xué)就知道準(zhǔn)確的密度了 |
5樓2014-09-22 08:59:32
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