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Materialman新蟲 (初入文壇)
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Lammps運(yùn)行結(jié)果問題！無數(shù)據(jù)，出現(xiàn)nan！ 已有1人參與
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本人在進(jìn)行能量優(yōu)化的時(shí)候，有輸出的結(jié)果但是輸出的數(shù)據(jù)都為nan,不知道是什么回事，請(qǐng)各位大神指點(diǎn)迷津！ 以下為相應(yīng)的in文件 #------模擬環(huán)境初始化------ boundary p p p #邊界周期性設(shè)定，自由非周期、自由非周期、自由非周期 units real #模型單元模式設(shè)定為real dimension 3 #幾何維度設(shè)定為3D atom_style full #原子模式設(shè)定為full neighbor 2.0 bin #設(shè)定neighbor截?cái)喟霃?力場截?cái)喟霃剑愃芃S中Buffer width） #------微觀模型的建立------ # 定義原子結(jié)構(gòu) pair_style lj/class2/coul/cut 10.0 10.0 #設(shè)定PCFF勢(shì)函數(shù)的對(duì)勢(shì)（類似MS中的Nonbond potential）信息：對(duì)勢(shì)包含相互作用為范德華力和庫侖力，范德華力和庫侖力截?cái)喟霃剑愃芃S中Cutoff distance） bond_style class2 angle_style class2 dihedral_style class2 improper_style class2 read_data ../bench/WJ/PP.lammps05 #------設(shè)置原子相關(guān)參數(shù)------ velocity all create 500 102486 rot yes dist & gaussian units box #------動(dòng)力學(xué)設(shè)置------ # 能量優(yōu)化 fix NPT all npt temp 500.0 500.0 100.0 iso 1.0 1.0 1000.0 compute pe all pe variable en equal c_ke+c_pe fix 1 all ave/time 1 10000 10000 c_temp c_ke c_pe v_en file ../bench/WJ/data/relax_PE20.dat1 minimize 1.0e-7 0 1000000 1000000 thermo 100000 thermo_modify lost warn timestep 1 run 1000000 運(yùn)行結(jié)果： LAMMPS (8 Jul 2013) Scanning data file ... 1 = max bonds/atom 6 = max angles/atom 9 = max dihedrals/atom 4 = max impropers/atom Reading data file ... orthogonal box = (0 0 0) to (39.0755 39.0755 39.0755) 1 by 2 by 2 MPI processor grid 7320 atoms 7260 bonds 14400 angles 21060 dihedrals 9600 impropers Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ... 4 = max # of 1-2 neighbors 6 = max # of 1-3 neighbors 12 = max # of 1-4 neighbors 16 = max # of special neighbors WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (../min.cpp:173) Setting up minimization ... Memory usage per processor = 20.985 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume 0 500 43041.617 45689.834 99639.726 200249.35 59664.174 236 500 8978.4944 9795.6924 29682.461 64908.573 59664.174 Loop time of 40.9642 on 4 procs for 236 steps with 7320 atoms Minimization stats: Stopping criterion = energy tolerance Energy initial, next-to-last, final = 88731.4515056 18774.1886865 18774.1868369 Force two-norm initial, final = 3071.24 323.327 Force max component initial, final = 870.624 81.8178 Final line search alpha, max atom move = 1.5559e-08 1.273e-06 Iterations, force evaluations = 236 548 Pair time (%) = 22.6427 (55.2744) Bond time (%) = 7.31013 (17.8451) Neigh time (%) = 0.33576 (0.819642) Comm time (%) = 10.531 (25.7078) Outpt time (%) = 0 (0) Other time (%) = 0.144612 (0.353019) Nlocal: 1830 ave 2187 max 1564 min Histogram: 1 0 1 0 1 0 0 0 0 1 Nghost: 13004 ave 13494 max 12423 min Histogram: 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 Neighs: 819009 ave 1.10617e+06 max 669830 min Histogram: 2 0 0 1 0 0 0 0 0 1 Total # of neighbors = 3276035 Ave neighs/atom = 447.546 Ave special neighs/atom = 11.6721 Neighbor list builds = 7 Dangerous builds = 0 Setting up run ... Memory usage per processor = 19.4735 Mbytes Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume 236 500 8978.4944 9795.6924 29682.461 64908.573 59664.174 100000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 200000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 300000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 400000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 500000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 600000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 700000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 800000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 900000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 1000000 -nan 0 -nan -nan -nan -nan 1000236 -nan 0 -nan -nan -nan -nan Loop time of 22495.5 on 4 procs for 1000000 steps with 7320 atoms 2.png |
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wangluwei
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請(qǐng)問lj勢(shì)用的時(shí)候可以不涉及到具體的原子么？兩種類型的原子該怎么寫呢？我先用了具體的原子這樣寫的 # LJ 12-6 system with npt ensemble units lj atom_style atomic boundary p p p lattice fcc 1.073 lattice fcc 0.8 region box block 0 10 0 5 0 5 create_box 2 box create_atoms 1 box create_atoms 2 box mass 1 1.0 mass 2 1.0 velocity all create 0.01 872877 timestep 0.01 dump 1 all xyz 1000 lj.xyz pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5 pair_coeff 2 2 1.6 1.1765 2.5 pair_coeff 1 2 0.2 1.0882 2.5 #pair_modify shift yes mix geometric neighbor 0.3 bin neigh_modify every 10 delay 0 check yes thermo 1000 fix 1 all npt temp 0.01 0.01 1.00 iso 0.0024 0.0024 100.0 run 50000 unfix 1 thermo 1000 運(yùn)行結(jié)果總出現(xiàn)nan怎么回事？不用具體的原子怎么寫代碼呢？ 新手跪謝！�。�！ |
4樓2017-04-15 21:43:32
2樓2014-09-25 09:43:25
Materialman
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