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蘭花草翠翠新蟲 (初入文壇)
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QM/MM 和ONIOM 已有1人參與
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| 請(qǐng)問(wèn) QM/MM和ONIOM什么關(guān)系 我看的文獻(xiàn)說(shuō)ONIOM（B3LYP/6-31G:UFF），這括號(hào)里面的第一項(xiàng)是用量子力學(xué)（QM）在B3LYP/6-31G水平計(jì)算，用分子力學(xué)方法（MM）在UFF水平上計(jì)算。。。我說(shuō)的對(duì)嗎？也就是UFF是分子力學(xué)范疇？還有文獻(xiàn)說(shuō)分層計(jì)算在QM和 classical dynamics兩方面連用，經(jīng)典力學(xué)是不是就是指的MM分子力學(xué)呢？ |
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hairan
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QM/MM和Gaussian的ONIOM有聯(lián)系，又有區(qū)別。 1、傳統(tǒng)的QM/MM必須是一部分使用量子化學(xué)方法（QM），另一部分使用分子力學(xué)方法（MM），但是對(duì)于Gaussian的ONIOM方法，在不考慮計(jì)算資源承受能力的情況下，可以對(duì)任何一部分使用任何一種Gaussian軟件支持的方法。 2、傳統(tǒng)的QM/MM方法使用一般只能將體系分成2各部分（或者叫層次），而ONIOM可以將體系分成三個(gè)層次，結(jié)果更加精細(xì)。 3、傳統(tǒng)的QM/MM方法對(duì)體系的優(yōu)化過(guò)程中，對(duì)每個(gè)部分的優(yōu)化是在該部分對(duì)應(yīng)的勢(shì)能面上進(jìn)行的，而ONIOM的優(yōu)化是將所有部分作為一個(gè)整體，優(yōu)化過(guò)程是在整體的勢(shì)能面上進(jìn)行了。 MM是Molecular Mechanics的簡(jiǎn)寫，你在文獻(xiàn)上看到的molecular dynamics (MD)說(shuō)的是分子動(dòng)力學(xué)，MM指的是一類計(jì)算能量的方法，而MD是一類研究體系動(dòng)態(tài)過(guò)程或者體系系綜平均的算法。MD可以基于MM，也可以基于QM。 文獻(xiàn)上的ONIOM(B3LYP/6-31G:UFF)的意思是這是一個(gè)兩層ONIOM計(jì)算，對(duì)定義為High的那一層使用量子化學(xué)方法B3LYP/6-31G來(lái)計(jì)算，而對(duì)定義為L(zhǎng)ow的那一層使用分子力學(xué)力場(chǎng)UFF來(lái)算。 |
2樓2014-09-28 01:10:50
蘭花草翠翠
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你好，我用oniom方法計(jì)算過(guò)渡態(tài)，想請(qǐng)問(wèn)一下S值測(cè)試是計(jì)算的前期絡(luò)合物和后期絡(luò)合物還是過(guò)渡態(tài)，不太了解S值測(cè)試是怎么定義的？附件是我S值測(cè)試的一個(gè)輸入文件，但是不知道寫的是否正確，您能幫我看一下嗎？ |
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2016-01-08 16:26:59, 5.45 K
6樓2016-01-08 16:27:50
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