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蘭花草翠翠新蟲 (初入文壇)
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QM/MM 和ONIOM 已有1人參與
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| 請問 QM/MM和ONIOM什么關(guān)系 我看的文獻說ONIOM（B3LYP/6-31G:UFF），這括號里面的第一項是用量子力學（QM）在B3LYP/6-31G水平計算，用分子力學方法（MM）在UFF水平上計算。。。我說的對嗎？也就是UFF是分子力學范疇？還有文獻說分層計算在QM和 classical dynamics兩方面連用，經(jīng)典力學是不是就是指的MM分子力學呢？ |
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hairan
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【答案】應(yīng)助回帖
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QM/MM和Gaussian的ONIOM有聯(lián)系，又有區(qū)別。 1、傳統(tǒng)的QM/MM必須是一部分使用量子化學方法（QM），另一部分使用分子力學方法（MM），但是對于Gaussian的ONIOM方法，在不考慮計算資源承受能力的情況下，可以對任何一部分使用任何一種Gaussian軟件支持的方法。 2、傳統(tǒng)的QM/MM方法使用一般只能將體系分成2各部分（或者叫層次），而ONIOM可以將體系分成三個層次，結(jié)果更加精細。 3、傳統(tǒng)的QM/MM方法對體系的優(yōu)化過程中，對每個部分的優(yōu)化是在該部分對應(yīng)的勢能面上進行的，而ONIOM的優(yōu)化是將所有部分作為一個整體，優(yōu)化過程是在整體的勢能面上進行了。 MM是Molecular Mechanics的簡寫，你在文獻上看到的molecular dynamics (MD)說的是分子動力學，MM指的是一類計算能量的方法，而MD是一類研究體系動態(tài)過程或者體系系綜平均的算法。MD可以基于MM，也可以基于QM。 文獻上的ONIOM(B3LYP/6-31G:UFF)的意思是這是一個兩層ONIOM計算，對定義為High的那一層使用量子化學方法B3LYP/6-31G來計算，而對定義為Low的那一層使用分子力學力場UFF來算。 |
2樓2014-09-28 01:10:50
蘭花草翠翠
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你好，我用oniom方法計算過渡態(tài)，想請問一下S值測試是計算的前期絡(luò)合物和后期絡(luò)合物還是過渡態(tài)，不太了解S值測試是怎么定義的？附件是我S值測試的一個輸入文件，但是不知道寫的是否正確，您能幫我看一下嗎？ |
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2016-01-08 16:26:59, 5.45 K
6樓2016-01-08 16:27:50
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