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敏sunflower金蟲 (小有名氣)
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[求助]
計(jì)算擴(kuò)散系數(shù) 已有2人參與
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初學(xué)模擬，急需各位大俠的幫助！ 我最近在模擬A、B兩分子在聚合物中的擴(kuò)散系數(shù)，但是遇到了幾個(gè)問題，想向各位請(qǐng)教一下 模擬過程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡結(jié)構(gòu)——5.NVT用于數(shù)據(jù)分析 （1）做完第5步NVT動(dòng)力學(xué)，分析得到MSD-t曲線，從而得到擴(kuò)散系數(shù)。但是發(fā)現(xiàn)對(duì)第4步結(jié)束時(shí)的最后一幀結(jié)構(gòu)平行做兩次NVT動(dòng)力學(xué)，分析得到的擴(kuò)散系數(shù)有時(shí)相差很大，這是什么原因那？ （2）有人說是擴(kuò)散系數(shù)對(duì)初始結(jié)構(gòu)很敏感，但重新建模之后進(jìn)行上述1-5步模擬，發(fā)現(xiàn)得到的擴(kuò)散系數(shù)也相差很大 面對(duì)上述情況，怎樣取擴(kuò)散系數(shù)的值那？   |
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 擴(kuò)散系數(shù) |
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3樓2014-10-01 07:22:17
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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2樓2014-10-01 07:14:49
敏sunflower
金蟲 (小有名氣)
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4樓2014-10-01 09:21:14
lsloneil
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【答案】應(yīng)助回帖
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敏sunflower: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-10-01 17:13:51
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
敏sunflower: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-10-01 17:13:51
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聚合物中如果有孔洞的話，嚴(yán)格意義上來講粒子在孔洞中的擴(kuò)散是受限的。所以會(huì)出現(xiàn)粒子長(zhǎng)時(shí)間只在某個(gè)區(qū)域的孔洞中運(yùn)動(dòng)的情況，這樣的話如果你從不同的初始條件開始而采樣時(shí)間不夠長(zhǎng)的話，采集到的MSD只是粒子在某個(gè)區(qū)域里的MSD，擬合得到的擴(kuò)散系數(shù)自然會(huì)相差很大。即便你從相同的初始條件出發(fā)，由于MD算法自身的誤差以及NVT動(dòng)力學(xué)的一些特點(diǎn)（這個(gè)有些復(fù)雜，這里不講），也不可能得到兩條相同的軌跡或是MSD。 一般對(duì)于粒子在這種受限條件下的擴(kuò)散，采樣時(shí)間都在納秒級(jí)別以保證充分采樣。雖然你用300ps就可以達(dá)到平衡，但采樣同樣是要花很長(zhǎng)時(shí)間的。如果你不想跑長(zhǎng)的simulation，可以考慮以不同的初始條件跑幾個(gè)600ps的simulation，然后把求到的幾條MSD取平均。 |
5樓2014-10-01 13:25:26
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