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小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » 計算擴散系數(shù)
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敏sunflower金蟲 (小有名氣)
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[求助]
計算擴散系數(shù) 已有2人參與
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初學模擬，急需各位大俠的幫助！ 我最近在模擬A、B兩分子在聚合物中的擴散系數(shù)，但是遇到了幾個問題，想向各位請教一下 模擬過程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡結(jié)構(gòu)——5.NVT用于數(shù)據(jù)分析 （1）做完第5步NVT動力學，分析得到MSD-t曲線，從而得到擴散系數(shù)。但是發(fā)現(xiàn)對第4步結(jié)束時的最后一幀結(jié)構(gòu)平行做兩次NVT動力學，分析得到的擴散系數(shù)有時相差很大，這是什么原因那？ （2）有人說是擴散系數(shù)對初始結(jié)構(gòu)很敏感，但重新建模之后進行上述1-5步模擬，發(fā)現(xiàn)得到的擴散系數(shù)也相差很大 面對上述情況，怎樣取擴散系數(shù)的值那？   |
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 擴散系數(shù) |
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敏sunflower
金蟲 (小有名氣)
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4樓2014-10-01 09:21:14
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2樓2014-10-01 07:14:49
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3樓2014-10-01 07:22:17
lsloneil
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【答案】應(yīng)助回帖
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敏sunflower: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-10-01 17:13:51
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敏sunflower: 金幣+10, ★★★很有幫助 2014-10-01 17:13:51
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聚合物中如果有孔洞的話，嚴格意義上來講粒子在孔洞中的擴散是受限的。所以會出現(xiàn)粒子長時間只在某個區(qū)域的孔洞中運動的情況，這樣的話如果你從不同的初始條件開始而采樣時間不夠長的話，采集到的MSD只是粒子在某個區(qū)域里的MSD，擬合得到的擴散系數(shù)自然會相差很大。即便你從相同的初始條件出發(fā)，由于MD算法自身的誤差以及NVT動力學的一些特點（這個有些復(fù)雜，這里不講），也不可能得到兩條相同的軌跡或是MSD。 一般對于粒子在這種受限條件下的擴散，采樣時間都在納秒級別以保證充分采樣。雖然你用300ps就可以達到平衡，但采樣同樣是要花很長時間的。如果你不想跑長的simulation，可以考慮以不同的初始條件跑幾個600ps的simulation，然后把求到的幾條MSD取平均。 |
5樓2014-10-01 13:25:26
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