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虞眉眉新蟲 (初入文壇)
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[求助]
qPCR引物設(shè)計(jì)問題
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qPCR采用的是SYBR Green法。圖為準(zhǔn)備做qPCR的幾個(gè)基因，在正式做前先做了常規(guī)PCR檢測，結(jié)果如下，共5個(gè)基因，每個(gè)分別做了cDNA plus 和cDNA minus 及water三個(gè)孔。請問，（1）孔4,5,6,7,8,10,11,12,13,14,15出現(xiàn)的分別是primer dimer么？（2）除孔13未擴(kuò)增出目的基因外，孔1,4,7,10均是目的基因，片段大小大概大約70-90bp之間，但孔1,4,7均出現(xiàn)了除引物二聚體外的其他片段大小的雜帶；（3）water孔比如孔6,12,15，既然無任何樣品在內(nèi)，為何仍出現(xiàn)primer dime？說明一下，我做的馬鈴薯，下載下來transcripts 序列后，采用primer 3在線設(shè)計(jì)的引物，再用netprimer 對所得序列進(jìn)行參數(shù)評價(jià)，選擇的評分最高的，但仍不可避免帶有self dimer和cross dimer，我挑選了Cytochrome_B561做了qPCR，擴(kuò)增曲線和溶解曲線分別如圖2和圖3，是不是我所有的引物都要重新設(shè)計(jì)。本人第一次接觸qPCR，真的不知道怎么辦，謝謝各位解答。 2014.10.02 pm_副本_副本.jpg Amplification Plot_YWI152_Cytochrome.jpg Melt Curve_YWI152_Cytochrome.jpg |
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