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syn1985木蟲 (正式寫手)
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[求助]
要表達(dá)的蛋白 基因序列擴(kuò)出兩個(gè)長度的正確片段 給跪了 求問各位大神 已有2人參與
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小蟲是做絲狀真菌基因表達(dá)的，前一段時(shí)間做了個(gè)基因，用一對(duì)引物從mRNA中擴(kuò)增出來了兩個(gè)片段A和B，就全部連接到T載體上送去測(cè)序，本想著有一個(gè)肯定是錯(cuò)配，結(jié)果測(cè)序結(jié)果發(fā)現(xiàn)A和B都是目的片段，引物都可以比對(duì)上，只是A比B少剪切了一段序列，長度在200bp（在5‘端），我將這兩段序列用軟件翻譯了一下，編碼框不一樣：A是+3 B是+1，兩個(gè)編碼的蛋白只在N端有20個(gè)AA不一樣，其他都一樣，用NCBI找了保守區(qū)也是相同的。 我現(xiàn)在不知道應(yīng)該嘗試表達(dá)哪一段序列，這兩段不太一樣的序列有說明了什么 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
syn1985: 金幣+1, 謝謝 2014-10-04 15:17:14
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-10-04 22:01:41
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
syn1985: 金幣+1, 謝謝 2014-10-04 15:17:14
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-10-04 22:01:41
| 我做植物基因克隆也碰過類似情況，可能原因是 一個(gè)基因簇或者基因家族里的兩個(gè)基因在DNA序列上串聯(lián)排列，并且高度同源，所以你用一對(duì)引物，有概率把兩個(gè)都克隆出來了，這種情況就是一個(gè)基因家族的兩個(gè)成員。要么就是生物中基因復(fù)制現(xiàn)象，就是一個(gè)基因在基因組中發(fā)生復(fù)制擴(kuò)張，那么兩個(gè)就是一個(gè)基因。還有情況就是錯(cuò)配了。 你可以提高溫度看看結(jié)果如何，然后把其他真菌中克隆的類似基因與之對(duì)比，看看通過保守結(jié)構(gòu)域分析 能不能區(qū)別兩者差異 |
2樓2014-10-04 15:10:19
syn1985
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3樓2014-10-04 15:14:35
liuderong
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【答案】應(yīng)助回帖
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syn1985(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-10-04 22:02:07
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syn1985(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-10-04 22:02:07
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如果兩個(gè)片段都是+1開始的閱讀框，那就可能是一個(gè)基因的兩種剪接方式，要研究基因功能的話一般都是兩個(gè)同時(shí)克隆。現(xiàn)在有一個(gè)片段從+3開始，那有可能是提RNA時(shí)有基因組DNA污染，PCR得到的片段有一個(gè)帶內(nèi)含子。你做的物種測(cè)序了沒？可以拿基因組做個(gè)比對(duì)。 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
4樓2014-10-04 15:49:56
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5樓2014-10-04 16:29:33
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6樓2014-10-04 16:35:53
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7樓2014-10-04 18:41:34
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8樓2014-10-04 22:24:53
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9樓2014-10-04 22:26:15
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10樓2014-10-06 11:21:25
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