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fushxmy金蟲 (正式寫手)
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[求助]
在已知菌的全基因的情況下，如何利用蛋白一級(jí)數(shù)據(jù)直接查蛋白庫（有文獻(xiàn)支持，在附件）
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Plamen A. Demirev在AC上的論文Microorganism Identification by Mass Spectrometry and Protein Database Searches，Anal. Chem. 1999, 71, 2732-2738 在搜庫方法里作者用 A search by protein molecular mass (Mr) and based on the set of protein molecular weights in the spectra was carried out in the SwissProt/TrEMBL database (Expasy, Swiss Bioinformatics Institute) using the Sequence Retrieval System (SRSWWW) module at http://expasy.hcuge.ch/srs5/. An interactive window (Alternative Query Form) allows search by a number of classifiers. In this case, we chose averaged protein MW as the primary classifier. We selected a (3 Da MW window, and the only restriction applied in the query was the choice of the “bacteria” protein subset of the database (in an earlier release of SwissPROT the identifier “prokaryota” was also available). Thus, protein identities and organismic sources were tentatively assigned for all peaks from the experimental spectra within the range from 4 to 15 kDa. 他是用maldi tof 做細(xì)菌蛋白在4000-10000，不做二級(jí)質(zhì)譜，直接搜庫鑒別蛋白，我看了，始終不知道如何搜索 請(qǐng)問大家，他是如何做的 |
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2014-10-08 13:51:40, 78.27 K
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