 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1525 | 回復: 0 | |||
[交流]
高通量測序中miRNA如何命名？
|
|
我委托一生物公司做甘蔗小RNA高通量測序，生物信息學分析基本過程：過濾后的unique miRNA map到近源物種高粱基因組和甘蔗組裝EST序列。然后與miRBase 數(shù)據(jù)庫中所有植物的miRNA進行比對，給出結果如下；但存在一些疑問：這種以參考miRNA數(shù)據(jù)庫比對得到的植物miRNA進行命名，結果較為復雜。有何種方法命名成像一些文章中所述結果那樣？如按照物種全部統(tǒng)一命名為：ssp164a,ssp164b....,而不是像本結果中分別hit不同物種的164a，最后以不同物種的miRNA進行羅列。 miR_name miR_seq #mir/MIR mirIDs, sbi-miR164a TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA 1 sbi-MIR164d, sbi-miR164a TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA 1 sbi-MIR164a, sbi-MIR164a-p3 ATGGTTCTTCATGTGCCCATC 1 sbi-MIR164a, zma-miR164a-5p_1ss21AG TGGAGAAGCAGGGCACGTGCG 2 zma-MIR164b,osa-MIR164b, 備注：The miR_name is composed of the 1st known miR name in a cluster, a underscore, and a matching annotation: such as L-n means the miRNA_seq (detected) is n base less than known rep_miRSeq in the left side; R-n means the miRNA_seq (detected) is n base less than known rep_miRSeq in the right side; L+n means the miRNA_seq (detected) is n base more than known rep_miRSeq in the left side; R+n means the miRNA_seq (detected) is n base more than known rep_miRSeq in the right side; 2ss5TC13TA means 2 substitutin (ss), which are T->C at position 5 and T->A at position 13 if there is no matching annotation, the miRNA_seq (detected) is exactly same as known rep_miRSeq. New discovered 5p/3p sequence has been annotated as p3/p5: which is directly differentiate with the reported sequences, |
回復此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實驗中的趣事：實驗器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗中的趣事：和實驗材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復
-
化學工程及工業(yè)化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有84人回復
-
蛋白質(zhì)檢測：精準分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴謹設計，解析生命機制的重要載體
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標南京
已經(jīng)有0人回復
找到一些相關的精華帖子，希望有用哦~
高通量測序時，針對16S rRNA, 可以測不同的V區(qū)，我們確定V區(qū)的依據(jù)是什么呢？
已經(jīng)有6人回復
- 高通量測序 序列分析
已經(jīng)有18人回復
- miRNA差異表達分析時reads數(shù)目的校準（TPM）問題
已經(jīng)有6人回復
- miRNA高通量測序分析時拷貝數(shù)的選取問題
已經(jīng)有4人回復
- 為什么不同的miRNA編號有相同的成熟序列
已經(jīng)有4人回復
- 高通量測序平臺匯總
已經(jīng)有10人回復
- 關于454高通量測序中Singleton的去除問題？
已經(jīng)有3人回復
- 有誰能介紹下 當下主要的集中高通量轉錄組測序
已經(jīng)有4人回復
- 請教，有轉錄組高通量測序的得到的差異表達基因，篩選幾個基因出來進行功能鑒定
已經(jīng)有9人回復
- Illumina高通量RNA測序數(shù)據(jù)分析中不同標準化方法的綜合比較
已經(jīng)有6人回復
- 454高通量測序
已經(jīng)有6人回復
- 高通量測序是干什么用的？另外測序后怎樣找差異基因
已經(jīng)有11人回復
- 做了個高通量測序，弱弱的問能發(fā)篇外文文章么？
已經(jīng)有20人回復
- 高通量測序分析微生物物種的豐度
已經(jīng)有13人回復
- 求助 高通量測序
已經(jīng)有3人回復
- 請問目前國內(nèi)有哪些可以做高通量測序的公司？
已經(jīng)有26人回復
- 請問高通量測序中深度和覆蓋度是什么意思？
已經(jīng)有12人回復
- 【求助/交流】小RNA測序
已經(jīng)有10人回復
點擊這里搜索更多相關資源科研從小木蟲開始，人人為我，我為人人
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 xulei00100 的主題更新
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 化學工程321分求調(diào)劑 +18 | 大米飯！ 2026-03-15 | 22/1100 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0703化學調(diào)劑 +11 | 妮妮ninicgb 2026-03-15 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +11 | 戲精丹丹丹 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +9 | 申子申申 2026-03-19 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 初始318分求調(diào)劑（有工作經(jīng)驗） +3 | 1911236844 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 化學求調(diào)劑 +4 | 臨澤境llllll 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +5 | 冬十三 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +4 | 一志愿京區(qū)211 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +4 | 小材化本科 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 材料與化工 322求調(diào)劑
+4
|
然11 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +9 | 想上學吖吖 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 中南大學化學學碩337求調(diào)劑 +3 | niko- 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交通 專碩 材料355 本科雙非 求調(diào)劑 +5 | 西南交通專材355 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿福大288有機化學，求調(diào)劑 +3 | 小木蟲200408204 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +6 | 緒幸與子 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料考研調(diào)劑 +3 | xwt。 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +3 | 淇ya_~ 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | Yanyali 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0856求調(diào)劑 +3 | 劉夢微 2026-03-15 | 3/150 |
|