河外生命

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[求助] 用autodock對(duì)接能否不指定柔性殘基已有1人參與

我在用autodock4.2進(jìn)行分子對(duì)接時(shí)遇到這樣一個(gè)難題：活性中心是在鐵卟啉環(huán)中間的三價(jià)鐵離子上，理論上這個(gè)Fe3+應(yīng)該是對(duì)接的中心。而autodock里柔性殘基一般都應(yīng)該是氨基酸，這樣我就沒辦法把Fe3+設(shè)為柔性的。在這樣的情況下，我能不能不指定柔性殘基，只是進(jìn)行剛性對(duì)接？
求高人指教，謝謝！

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1樓 2014-10-14 23:57:15

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當(dāng)然可以了，而且大多數(shù)情況直接跳過柔性殘基就可以！

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2樓2014-10-15 14:12:06

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河外生命: 金幣+10 2014-10-16 20:42:56

活性中心有金屬離子的話，需要添加金屬離子相關(guān)參數(shù)，否則沒法對(duì)接

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3樓2014-10-15 14:12:43

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2樓: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:12:06
當(dāng)然可以了，而且大多數(shù)情況直接跳過柔性殘基就可以！

那在做到docking的時(shí)候，只需要把整個(gè)蛋白分子指定為剛性分子嗎？
還有autodock里能夠?qū)⑷齼r(jià)鐵離子設(shè)為柔性殘基嗎？應(yīng)該怎么設(shè)置呢？
謝謝指教！

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4樓2014-10-16 20:42:30

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3樓: Originally posted by pymol at 2014-10-15 14:12:43
活性中心有金屬離子的話，需要添加金屬離子相關(guān)參數(shù)，否則沒法對(duì)接

謝謝指教！
我還想請(qǐng)問一下，血紅素輔基理論上應(yīng)該是剛性的，我能否像設(shè)置柔性參加那樣將它設(shè)為對(duì)接的中心？如果可以的話應(yīng)該怎樣設(shè)置？金屬離子的電荷及參數(shù)應(yīng)該怎樣設(shè)置？
我只會(huì)用autodock4.2，pymol會(huì)一點(diǎn)。還望高手指點(diǎn)迷津，謝謝了！

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5樓2014-10-16 20:48:04

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河外生命: 金幣+8, ★★★很有幫助 2014-10-20 20:37:43

引用回帖:

4樓: Originally posted by 河外生命 at 2014-10-16 20:42:30
那在做到docking的時(shí)候，只需要把整個(gè)蛋白分子指定為剛性分子嗎？
還有autodock里能夠?qū)⑷齼r(jià)鐵離子設(shè)為柔性殘基嗎？應(yīng)該怎么設(shè)置呢？
謝謝指教！...

Autodock對(duì)接的時(shí)候，只要你不指定柔性殘基，蛋白就默認(rèn)剛性，小分子默認(rèn)柔性對(duì)接，添加金屬離子參數(shù)可以在源文件中修改

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6樓2014-10-20 20:25:48

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6樓: Originally posted by pymol at 2014-10-20 20:25:48
Autodock對(duì)接的時(shí)候，只要你不指定柔性殘基，蛋白就默認(rèn)剛性，小分子默認(rèn)柔性對(duì)接，添加金屬離子參數(shù)可以在源文件中修改...

多謝應(yīng)助！是不是只要在受體的pdbqt文件里直接把Fe的電荷改為+3就可以了？

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7樓2014-10-20 20:39:11

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引用回帖:

7樓: Originally posted by 河外生命 at 2014-10-20 20:39:11
多謝應(yīng)助！是不是只要在受體的pdbqt文件里直接把Fe的電荷改為+3就可以了？...

若果有金屬離子的話，需要在源文件中增加參數(shù)！不是簡(jiǎn)單的修改電荷

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8樓2014-11-05 21:55:11

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