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孫1986金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
高斯大俠留步，看看這個(gè)高斯輸入文件有何問(wèn)題？
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#p fopt=(ts z-matrix,calcfc) iop(5/13=1,1/11=1) freq optcyc=500 scf(maxcyc=300) ub3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity NO+CH2 reaction 0 2 N 0.00000000 0.00000000 -0.61797712 O 0.00000000 0.00000000 0.54072998 C 1.31900152 -1.04941686 -1.22943436 H 1.31900152 -0.05250786 -1.64471336 H 1.31900152 -2.04632586 -1.64471336 1 2 2.0 2 3 4 1.0 5 1.0 4 5 自己為高斯菜鳥(niǎo)，現(xiàn)在初學(xué)階段，模擬別人的結(jié)果，輸入這樣一個(gè)文件，有錯(cuò)誤，請(qǐng)哪位大俠指導(dǎo)一二 |
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xieshen0321
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孫1986: 金幣+10, 您的解說(shuō)受益匪淺 2014-10-23 11:11:18
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
孫1986: 金幣+10, 您的解說(shuō)受益匪淺 2014-10-23 11:11:18
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該例子有一定的典型性，有很多高斯初學(xué)者會(huì)遇到的問(wèn)題，在此詳細(xì)討論一下： 首先，這個(gè)輸入文件可以運(yùn)行，但是容易導(dǎo)致錯(cuò)誤意想不到的結(jié)果 （1）當(dāng)給出opt=z-matrix時(shí)，高斯會(huì)去讀取輸入文件中的Z-matrix以及變量�？墒菢侵鹘o出的是直角坐標(biāo)(cartesian)，所以程序會(huì)按照opt=cartesian來(lái)進(jìn)行優(yōu)化。參考http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_opt.htm （When a Z-matrix without any variables is used for the molecule specification, and Opt=Z-matrix is specified, then the optimization will actually be performed in Cartesian coordinates.） 使用該方法(opt=cartesian)收斂速度遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于默認(rèn)的冗余內(nèi)坐標(biāo)(redundant internal coordinate) （2) fopt是配合opt=z-matrix使用的，要求對(duì)所有變量進(jìn)行優(yōu)化。這個(gè)選項(xiàng)現(xiàn)在已經(jīng)很少人用了，通常直接使用opt即可。 （3）iop(5/13=1,1/11=1)。iop(5/13)=1要求哪怕SCF不收斂都繼續(xù)計(jì)算，該選項(xiàng)是用來(lái)調(diào)試用的，在實(shí)際應(yīng)用中不應(yīng)該出現(xiàn)。iop(1/11=1）即noeigentest，建議在結(jié)構(gòu)已經(jīng)很接近過(guò)渡態(tài)時(shí)使用，否則容易得到其他意想不到的虛頻，比如甲基旋轉(zhuǎn)。一般的建議是，能使用關(guān)鍵詞盡量避免使用IOP。首先IOP在多步計(jì)算中（比如opt freq）只能適用于第一步，而使用關(guān)鍵詞對(duì)所有步驟都適用。此外，在不同版本的高斯程序中，IOP參數(shù)可能會(huì)發(fā)生改變。 （4）optcyc=N, 即opt(maxcyc=N)，還有scf(maxcyc=300)。如果結(jié)構(gòu)或者SCF不收斂，增大默認(rèn)的周期數(shù)通常不會(huì)有改善，反而耗費(fèi)更多的計(jì)算時(shí)間。 （5) 如果optcyc寫(xiě)成opt(maxcyc=N)，同時(shí)又使用opt=(ts,z-matrix)，同一個(gè)opt出現(xiàn)兩次，這種情況應(yīng)該避免，因?yàn)槌绦蛟谏煞菢?biāo)準(zhǔn)輸入（即輸出文件開(kāi)始部分生成的一大堆IOP選項(xiàng)）時(shí)會(huì)對(duì)相同選項(xiàng)進(jìn)行加和，可能導(dǎo)致意想不到的問(wèn)題。 （6）總的來(lái)說(shuō)，初學(xué)高斯，建議從最少的選項(xiàng)開(kāi)始，完成一個(gè)基本計(jì)算，然后添加適當(dāng)?shù)倪x項(xiàng)以實(shí)現(xiàn)額外的功能。直接從其他人那里拷貝過(guò)來(lái)輸入文件，可能適用于特定體系，但不一定在任何情況都適用。尤其是比如IOP（5/13=1），在正式計(jì)算中絕對(duì)應(yīng)該避免出現(xiàn) |
5樓2014-10-23 08:57:32
孫1986
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6樓2014-10-23 11:13:28
fatpig8832
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7樓2014-10-23 16:50:19
yongma2008
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論文？苦！主。
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