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孫1986金蟲 (正式寫手)
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高斯大俠留步，看看這個高斯輸入文件有何問題？
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#p fopt=(ts z-matrix,calcfc) iop(5/13=1,1/11=1) freq optcyc=500 scf(maxcyc=300) ub3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity NO+CH2 reaction 0 2 N 0.00000000 0.00000000 -0.61797712 O 0.00000000 0.00000000 0.54072998 C 1.31900152 -1.04941686 -1.22943436 H 1.31900152 -0.05250786 -1.64471336 H 1.31900152 -2.04632586 -1.64471336 1 2 2.0 2 3 4 1.0 5 1.0 4 5 自己為高斯菜鳥，現(xiàn)在初學(xué)階段，模擬別人的結(jié)果，輸入這樣一個文件，有錯誤，請哪位大俠指導(dǎo)一二 |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
孫1986: 金幣+10, 您的解說受益匪淺 2014-10-23 11:11:18
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
孫1986: 金幣+10, 您的解說受益匪淺 2014-10-23 11:11:18
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該例子有一定的典型性，有很多高斯初學(xué)者會遇到的問題，在此詳細討論一下： 首先，這個輸入文件可以運行，但是容易導(dǎo)致錯誤意想不到的結(jié)果 （1）當(dāng)給出opt=z-matrix時，高斯會去讀取輸入文件中的Z-matrix以及變量。可是樓主給出的是直角坐標(biāo)(cartesian)，所以程序會按照opt=cartesian來進行優(yōu)化。參考http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_opt.htm （When a Z-matrix without any variables is used for the molecule specification, and Opt=Z-matrix is specified, then the optimization will actually be performed in Cartesian coordinates.） 使用該方法(opt=cartesian)收斂速度遠遠低于默認(rèn)的冗余內(nèi)坐標(biāo)(redundant internal coordinate) （2) fopt是配合opt=z-matrix使用的，要求對所有變量進行優(yōu)化。這個選項現(xiàn)在已經(jīng)很少人用了，通常直接使用opt即可。 （3）iop(5/13=1,1/11=1)。iop(5/13)=1要求哪怕SCF不收斂都繼續(xù)計算，該選項是用來調(diào)試用的，在實際應(yīng)用中不應(yīng)該出現(xiàn)。iop(1/11=1）即noeigentest，建議在結(jié)構(gòu)已經(jīng)很接近過渡態(tài)時使用，否則容易得到其他意想不到的虛頻，比如甲基旋轉(zhuǎn)。一般的建議是，能使用關(guān)鍵詞盡量避免使用IOP。首先IOP在多步計算中（比如opt freq）只能適用于第一步，而使用關(guān)鍵詞對所有步驟都適用。此外，在不同版本的高斯程序中，IOP參數(shù)可能會發(fā)生改變。 （4）optcyc=N, 即opt(maxcyc=N)，還有scf(maxcyc=300)。如果結(jié)構(gòu)或者SCF不收斂，增大默認(rèn)的周期數(shù)通常不會有改善，反而耗費更多的計算時間。 （5) 如果optcyc寫成opt(maxcyc=N)，同時又使用opt=(ts,z-matrix)，同一個opt出現(xiàn)兩次，這種情況應(yīng)該避免，因為程序在生成非標(biāo)準(zhǔn)輸入（即輸出文件開始部分生成的一大堆IOP選項）時會對相同選項進行加和，可能導(dǎo)致意想不到的問題。 （6）總的來說，初學(xué)高斯，建議從最少的選項開始，完成一個基本計算，然后添加適當(dāng)?shù)倪x項以實現(xiàn)額外的功能。直接從其他人那里拷貝過來輸入文件，可能適用于特定體系，但不一定在任何情況都適用。尤其是比如IOP（5/13=1），在正式計算中絕對應(yīng)該避免出現(xiàn) |
5樓2014-10-23 08:57:32
xieshen0321
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