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hajierlove

銅蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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[求助] 請(qǐng)大神幫忙分析引物設(shè)計(jì)的是否合理？已有4人參與

序列：
ATGGATGCTGATGCAGCTCTAGACCGGTGTGGAAAAGAGTTCAAAGTGGACATTTCCAGG
ATCAGCAGTTGTGCTGCCAGTGAGCACGGATCTGCTCTGCTGAAGAAACATGGAGACGAC
ACACACATCATAGAGCCCGGTTTCATTCCAACTATTATAGTAAATAATTCCAAAGACAAT
CAACCAGCTTTACTCAAAAACTTCCTCCTAGAAGTATATGACATAACAAATTGTGAGAAC
GGCGTGTTCAAGGACGACCAGAAGCTCAAGTGCTACATGTTCTGTCTGCTAGAGGAGGCC
AGTGTTGCTGATGAGAACGGCGTAGTAGACTACGAAATGATGATCAGCTTGATACCCGAG
GACTATACAGAAAGAGTTTCAAAAATGATAATGGCCTGCAAACATCTAGATACACCAGAT
AAGGATAAATGCCAAAGGGCGTTCGATGTTCATAAGTGTTCTTATGAAAAGGATCCAGAC
ATACTTACTGAGTACTAA
擴(kuò)全長(zhǎng)
F'ATGGATGCTGATGCAGC
R'GTACTCAGTAAGTATGTCTGGATCCTTT

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踏實(shí)

1樓 2014-11-10 17:02:10

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hajierlove

銅蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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引用回帖:

2樓: Originally posted by wangranjun at 2014-11-11 17:16:49
似乎是可行的，具體可以看一下Tm值。你沒(méi)有設(shè)計(jì)酶切位點(diǎn)？

首先，十分感動(dòng)你幫我分析，有酶切位點(diǎn)，保護(hù)堿基，并且特異性對(duì)比，也沒(méi)有問(wèn)題，但是pcr就是沒(méi)有目的片段，只有弱弱的引物二聚體，用的ex-taq酶，求指點(diǎn)

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踏實(shí)

3樓2014-11-11 18:17:29

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wangranjun

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廣庭之惘然

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【答案】應(yīng)助回帖

★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kx444555: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2014-11-12 11:22:07

似乎是可行的，具體可以看一下Tm值。你沒(méi)有設(shè)計(jì)酶切位點(diǎn)？

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他日揚(yáng)翼九萬(wàn)里，歷大千世界，定我紅塵心！

2樓2014-11-11 17:16:49

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wangranjun

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【答案】應(yīng)助回帖

★
kx444555: 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2014-11-12 11:22:11

引用回帖:

3樓: Originally posted by hajierlove at 2014-11-11 18:17:29
首先，十分感動(dòng)你幫我分析，有酶切位點(diǎn)，保護(hù)堿基，并且特異性對(duì)比，也沒(méi)有問(wèn)題，但是pcr就是沒(méi)有目的片段，只有弱弱的引物二聚體，用的ex-taq酶，求指點(diǎn)...

那應(yīng)該是復(fù)性溫度不合適，一般我們選擇Tm值低5℃作為復(fù)性溫度……溫度不合適就會(huì)有二聚體的，你可以試一個(gè)溫度梯度

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4樓2014-11-11 18:44:25

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引用回帖:

4樓: Originally posted by wangranjun at 2014-11-11 18:44:25
那應(yīng)該是復(fù)性溫度不合適，一般我們選擇Tm值低5℃作為復(fù)性溫度……溫度不合適就會(huì)有二聚體的，你可以試一個(gè)溫度梯度...

退火溫度52度左右，做了梯度48-60，均沒(méi)有目的條帶，也做了touch down

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踏實(shí)

5樓2014-11-11 18:58:17

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