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求設(shè)計(jì)熒光定量PCR引物一對（SYBGREEN) 已有1人參與
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各位大神，最近需做熒光定量，求設(shè)計(jì)引物一對，我會(huì)選取幾對引物進(jìn)行試驗(yàn)，然后把結(jié)果反饋給大家。 上引物模板：ATGTATCACC CGCAGTGCGA GCTCCTGACG ATGGCGCACG AAACGCCGGA CCTGGACGCC 61 GGCCAGCCGC ACCTAACCGT CTCCGGCGTC GCCAGCATCC CGGCAGAGCT GAGCTTCCAC 121 CTGCTGCACT CGCTCGACGC CGCGGCGGCG GTCAATCCCG TCACGGCGCC GCCGCAGTCC 181 ACCATCGACT ACTTCCTCGG CGGCGCCGAT CCCCACCAGC AGGCCATGCA GTACGAGCCG 241 CTGCCGCCCG CCGCGGGCGG CCACCACCAG TACACCATGG ACATGTTCCG CGACTACTGC 301 GACGGCAACT ACCCCACCGC CGAGCCGTAC ATCCGCGGGA CAATGACTGG AGCCCTCGTG 361 TTCGGGGCCA CCGACGACGA CGACTCGGCC GCTGCCGCCT ACATGCCCGG GGGGCACTTT 421 GAGACCTCCC CGCCGCCGCC ACGCGCCACC GGCCGCGGCA GGAAGCGGGG CAGGGCGCTG 481 GGCGGCGGCT TCCATGCTGT GCTGGCCAAC GGCGTCGAGA AGAAGGAGAA GCAGCGCCGG 541 CTGCGGCTCA CCGAGAAGTT TACGGCCCTC ATGCACCTCA TACCCAACGT TACGAAG 下引物模板： ACT 601 GATAGGGCGA CGGTGATCTC GGACGCGATC GAGTACATCC AGGAGCTGGG GAGGACGGTG 661 GAGGAGCTGA CGCTGCTGGT GGAGAAGAAG CGGCGCCGGA GGGAGCTGCA GGGGGACGTC 721 GTGGACGCGG CGCCGGCTGC GGTGGTTGCT GCCGCCGGTG AGGCGGAGAG CTCGGAGGGC 781 GAGGTGGCTC CTCCGCCGCT GGCCGTGCCG CGGCAGCCGA TCCGGAGCAC GTACATCCAG 841 CGGCGGAGCA AGGACACGTC CGTGGACGTG CGGATCGTGG AGGAGGACGT GAACATCAAG 901 CTCACCAAGC GCCGGCGCGA CGGGTGCCTC GCAGCCGCGT CGCGCGCGCT GGACGACCTC 961 CGCCTTGACC TCGTCCACCT CTCCGGCGGC AAGATCGGTG ACTGTCAAAT CTACATGTTC 1021 AACACCAAGA TTCACAAGGG GTCTTCAGTG TTTGCGAGTG CAGTGGCCGG TAGGCTGATG 1081 GAAGTGGTGG ACGAGTACTA G |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2014-11-12 11:21:55
generalel: 金幣+20, ★★★★★最佳答案 2014-11-13 10:28:29
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做熒光定量沒必要限定位置吧？看表達(dá)就行，給樓主設(shè)了幾對引物： （1）F:TTCAACACCAAGATTCACAAG (TM=60.8) R:GTCCACCACTTCCATCAG(TM=61.2) (2) F:ATGTTCAACACCAAGATTCAC(TM=60.9) R:GTCCACCACTTCCATCAG(TM=61.2) (3) F:GTCCACCACTTCCATCAG(YM=62.2) R:ACCACTTCCATCAGCCTAC(TM=63) 你先試試，不同的引物表達(dá)量可能有一點(diǎn)點(diǎn)差異，但是總體是不影響與對照之間的表達(dá)差異的。 |
2樓2014-11-12 08:53:10
3樓2014-11-12 11:00:35
4樓2014-11-12 17:11:25
5樓2014-11-13 10:27:14
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西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-11-14 23:13:34
西門吹雪170: 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-11-14 23:13:34
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pp5設(shè)的，我一般是這樣的抓住兩個(gè)點(diǎn)： （1）找保守區(qū)的特異性片段 （2）片段大小不要太大100左右 其他按正常的引物設(shè)計(jì)去設(shè)，其實(shí)這個(gè)引物設(shè)計(jì)有點(diǎn)像做干擾載體的引物設(shè)計(jì)，當(dāng)然也是有區(qū)別的（干擾載體兩端加酶切位點(diǎn)），多設(shè)幾個(gè)就有經(jīng)驗(yàn)啦，多找找資料，設(shè)計(jì)這個(gè)的軟件也挺多的，新手推薦你用用 Beacon Designer。 |
6樓2014-11-13 11:20:52
7樓2014-11-13 22:05:08
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是 [ 發(fā)自小木蟲客戶端 ] |
8樓2014-11-13 22:50:53
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