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seallinsky

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[求助] 牛IgG蛋白序列已有3人參與

uniprot上實在找不到牛的IgG序列。。。求助各位蟲友，最好能提供uniprot號，謝謝！

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1樓 2014-11-13 10:24:19

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抗體的特點就是每一個序列都不相同，重鏈和輕鏈的可變區(qū)序列都是隨機的，數(shù)據(jù)庫一般都不收錄的。如果你要找一些序列來參考，建議你到NCBI上搜索一些結(jié)晶結(jié)構(gòu)，有結(jié)晶的IgG都會給出序列。給你一個例子http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=111112

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2樓2014-11-13 11:34:19

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seallinsky

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引用回帖:

2樓: Originally posted by liuderong at 2014-11-13 11:34:19
抗體的特點就是每一個序列都不相同，重鏈和輕鏈的可變區(qū)序列都是隨機的，數(shù)據(jù)庫一般都不收錄的。如果你要找一些序列來參考，建議你到NCBI上搜索一些結(jié)晶結(jié)構(gòu)，有結(jié)晶的IgG都會給出序列。給你一個例子http://www.ncb ...

我是做蛋白組學(xué)的，SwissProt的review的蛋白里居然沒有收錄牛的IgG蛋白（我也不敢相信），需要基因編碼的精確的蛋白一級結(jié)構(gòu)，比如人的Ig gamma-1 chain C region（P01857）序列這種

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3樓2014-11-13 13:23:31

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liuderong

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引用回帖:

3樓: Originally posted by seallinsky at 2014-11-13 13:23:31
我是做蛋白組學(xué)的，SwissProt的review的蛋白里居然沒有收錄牛的IgG蛋白（我也不敢相信），需要基因編碼的精確的蛋白一級結(jié)構(gòu)，比如人的Ig gamma-1 chain C region（P01857）序列這種...

感覺你不了解抗體產(chǎn)生的機理，有空找一本免疫學(xué)方面的書看一下吧。一頭牛如果有100萬個成熟的B細胞，那它就有可能有100萬個IgG，并且每一個都是不同的。單就同一個B細胞而言，它在發(fā)育的不同階段產(chǎn)生的IgG也是不同的！

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4樓2014-11-13 19:15:15

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IgG receptor FcRn large subunit p51 precursor [Bos taurus]
NCBI Reference Sequence: NP_788830.1
Identical Proteins FASTA Graphics
Go to:
LOCUS    NP_788830             354 aa          linear MAM 12-SEP-2013
DEFINITION  IgG receptor FcRn large subunit p51 precursor [Bos taurus].
ACCESSION NP_788830
VERSION    NP_788830.1  GI:41386731
DBSOURCE REFSEQ: accession NM_176657.1
KEYWORDS RefSeq.
SOURCE    Bos taurus (cattle)
  ORGANISM  Bos taurus
         Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
         Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia;
         Pecora; Bovidae; Bovinae; Bos.
REFERENCE 1  (residues 1 to 354)
  AUTHORS Sayed-Ahmed,A., Kassab,M., Abd-Elmaksoud,A., Elnasharty,M. and
         El-Kirdasy,A.
  TITLE    Expression and immunohistochemical localization of the neonatal Fc
         receptor (FcRn) in the mammary glands of the Egyptian water buffalo
  JOURNAL Acta Histochem. 112 (4), 383-391 (2010)
PUBMED 19481783
  REMARK GeneRIF: The present data support the notion that FcRn might be
         involved in the transfer of maternal immunoglobulins and in the
         local defense mechanism of the mammary gland.
REFERENCE 2  (residues 1 to 354)
  AUTHORS Zhang,R., Zhao,Z., Zhao,Y., Kacskovics,I., Eijk,Mv., Groot,Nd.,
         Li,N. and Hammarstrom,L.
  TITLE    Association of FcRn Heavy Chain Encoding Gene (FCGRT) Polymorphisms
         with IgG Content in Bovine Colostrum
  JOURNAL Anim. Biotechnol. 20 (4), 242-246 (2009)
PUBMED 19937499
  REMARK GeneRIF: haplotype could also weaken the IgG-FcRn affinity, which
         may increase the IgG concentration in the milk.
REFERENCE 3  (residues 1 to 354)
  AUTHORS Zimin,A.V., Delcher,A.L., Florea,L., Kelley,D.R., Schatz,M.C.,
         Puiu,D., Hanrahan,F., Pertea,G., Van Tassell,C.P., Sonstegard,T.S.,
         Marcais,G., Roberts,M., Subramanian,P., Yorke,J.A. and
         Salzberg,S.L.
  TITLE    A whole-genome assembly of the domestic cow, Bos taurus
  JOURNAL Genome Biol. 10 (4), R42 (2009)
PUBMED 19393038
REFERENCE 4  (residues 1 to 354)
  AUTHORS Doleschall,M., Zhao,Y., Mayer,B., Hammarstrom,L. and Kacskovics,I.
  TITLE    Isolation of the gene encoding the bovine neonatal Fc receptor
  JOURNAL Vet. Immunol. Immunopathol. 108 (1-2), 145-150 (2005)
PUBMED 16095719
  REMARK GeneRIF: FcRn alpha chain gene has acquired several repetitive
         sequences in its 5'-flanking region, including multiple SINE and
         LINE elements. Potential binding sites for transcription factors
         within the 5'-flanking sequence were identified
REFERENCE 5  (residues 1 to 354)
  AUTHORS Laegreid,W.W., Heaton,M.P., Keen,J.E., Grosse,W.M.,
         Chitko-McKown,C.G., Smith,T.P., Keele,J.W., Bennett,G.L. and
         Besser,T.E.
  TITLE    Association of bovine neonatal Fc receptor alpha-chain gene (FCGRT)
         haplotypes with serum IgG concentration in newborn calves
  JOURNAL Mamm. Genome 13 (12), 704-710 (2002)
PUBMED 12514749
REFERENCE 6  (residues 1 to 354)
  AUTHORS Kacskovics,I., Wu,Z., Simister,N.E., Frenyo,L.V. and Hammarstrom,L.
  TITLE    Cloning and characterization of the bovine MHC class I-like Fc
         receptor
  JOURNAL J. Immunol. 164 (4), 1889-1897 (2000)
PUBMED 10657638
COMMENT    PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
         NCBI review. The reference sequence was derived from AF139106.1.

         ##Evidence-Data-START##
         Transcript exon combination :: AF139106.1 [ECO:0000332]
         RNAseq introns             :: single sample supports all introns
                                       SRS359244, SRS359245 [ECO:0000348]
         ##Evidence-Data-END##
FEATURES          Location/Qualifiers
   source       1..354
                  /organism="Bos taurus"
                  /db_xref="taxon:9913"
                  /chromosome="18"
                  /map="18"
                  /breed="Holstein Friesian"
   Protein       1..354
                  /product="IgG receptor FcRn large subunit p51 precursor"
                  /note="regulates IgG metabolism and transcytosis; Fc
                  receptor"
                  /calculated_mol_wt=36663
   sig_peptide    1..23
                  /inference="COORDINATES: ab initio prediction:SignalP:4.0"
                  /calculated_mol_wt=2498
   CDS          1..354
                  /gene="FCGRT"
                  /coded_by="NM_176657.1:116..1180"
                  /db_xref="BGD:BT11421"
                  /db_xref="GeneID:338062"
ORIGIN
      1 mrlprpqpwg lglllvllpg alsaenyrsl qyhftavsap aagtpafwvs gwlgpqqyls
   61 ynnlraqaep ygawvwesqv swyweketmd lrnqetlfle alqalgegpf tmqgllgcel
   121 gpdnvsvpva kfalngeefm mfdpklgiwd gdwpesrtvs ikwtqqpeav nkektfllys
   181 cphrllghle rgrgnlewke ppsmrlkarp gspgfsvltc safsfyppel klrflrngla
   241 igsgeidmgp ngdgsfyaws sltvksgdeh hyrcvvqhag laqpltvele spartsvpvv
   301 giviglflll tvaaggallw rrmrkglpap wisfrgedvg allptpglsk dges

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5樓2014-11-13 21:08:00

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6樓: Originally posted by louis_cheung at 2014-11-14 01:40:41
脊椎動物的IgG是一類蛋白，不是一個蛋白，即使是同一物種的IgG,根據(jù)重鏈或輕鏈，通常又可分為好幾個亞類，即使是同一亞類，其germline 序列也有很多條，重排后突變的就數(shù)不勝數(shù)了~不知親要哪一條?
...

IgG保守序列，最好是通過基因編碼過來的序列

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7樓2014-11-23 10:44:11

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