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zhangmao511鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
Gromacs模擬中位置限制性模擬的問(wèn)題！！
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有個(gè)問(wèn)題想向大家請(qǐng)教一下，關(guān)于Gromacs的位置限制性模擬，我在網(wǎng)上看到有2種protocl. Protocl A 是在能量最小化后，先進(jìn)行位置限制性模擬（也就是將蛋白的所有重原子以1000 kJ/(mol nm2)限制住，打開(kāi)溫度耦合進(jìn)行100皮秒的模擬），再進(jìn)行非限制性的NVT，接著進(jìn)行非限制性的NPT，最后進(jìn)行production MD. Protocl B是在能量最小化后，進(jìn)行限制性的NVT 100皮秒，再進(jìn)行限制性的NPT 100皮秒，最后進(jìn)行production MD. 這2種Protocl，有沒(méi)有實(shí)質(zhì)性的區(qū)別呢？還是說(shuō)其實(shí)是一樣的效果？ 分別用這2種Protocl會(huì)會(huì)使最后的production MD產(chǎn)生不同的結(jié)果嗎？十分感謝！  |
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 gromacs | xuexijisuan |
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zhangmao511
鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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2樓2014-12-03 20:43:11
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