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明月照清渠金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
gromacs NEMD模擬
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看gromacs手冊(cè)，發(fā)現(xiàn)gromacs可以跑NEMD，但是不知道NEMD的mdp哪里可以參考，希望用gromacs跑過(guò)NEMD的同學(xué)能幫下忙~~不勝感激~~最好有詳細(xì)說(shuō)明，謝謝~~ [ 來(lái)自科研家族 深海家族 ] |
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8樓2012-12-07 10:09:57
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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NEMD的設(shè)置參數(shù)有acc_grps accelerate freezegrps freezedim cos_acceleration deform 要是算黏度 就是設(shè)置cos_acceleration 給體系施加一個(gè)余弦分布的加速度 在說(shuō)明書(shū)第7章7.3.24寫(xiě)的挺清楚 一看就會(huì)啦  |
10樓2012-12-07 10:39:50
2樓2012-12-06 22:42:57
明月照清渠
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gromacs里面提到的是平衡動(dòng)力學(xué)的例子~~沒(méi)有非平衡動(dòng)力學(xué)的~~雖然會(huì)自動(dòng)提到好多帖子，但是沒(méi)有跟NEMD相關(guān)的呀，我也是查了好幾天才發(fā)帖的，不知道不要亂說(shuō)好不好~~ 3樓2012-12-07 08:49:08
【答案】應(yīng)助回帖
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哈哈，sorry 先推薦看看平衡態(tài)和非平衡態(tài)的介紹： http://wenku.baidu.com/view/e330caf6ba0d4a7302763ae5.html http://wenku.baidu.com/view/04ef16d533d4b14e8524686a.html 然后gromacs手冊(cè)里面的一段介紹： 那么比如說(shuō)我要模擬一個(gè)管道內(nèi)的泊肅葉流動(dòng)，這就是NEMD吧？除了設(shè)置MD模擬的其他參數(shù)，NEMD parameters 就是要給流體分子都施加壓力吧？ 再比如，我要模擬帶電粒子在電場(chǎng)中的運(yùn)動(dòng)，NEMD parameters 就是給模擬體系設(shè)置外加電場(chǎng)吧？ 你清楚你要模擬什么樣的NEMD 了嗎？再仔細(xì)閱讀手冊(cè)吧，很快你就知道怎么設(shè)置了。 個(gè)人理解，請(qǐng)多指教！ [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-12-7 at 09:30 ] |
4樓2012-12-07 09:28:24
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5樓2012-12-07 09:47:21
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