 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 812 | 回復(fù): 3 | ||
CD21andEBV新蟲 (初入文壇)
|
[求助]
關(guān)于蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測遇到的問題，求解惑！ 已有1人參與
|
|
首先感謝各位能抽空閱讀本貼，如蒙指導(dǎo)一二，幸甚幸甚。我只有5金幣，已是傾囊而出，希望各位不要嫌我磕磣，只能以謝意略表誠意了。 進(jìn)入正題，本人目前在做一個(gè)蛋白的三維結(jié)構(gòu)預(yù)測，NCBI中收錄編碼該蛋白的基因的兩個(gè)轉(zhuǎn)錄本（人的），其中一個(gè)轉(zhuǎn)錄本（A）已有空間結(jié)構(gòu)（實(shí)驗(yàn)測得），而另一個(gè)轉(zhuǎn)錄本（B）因與A相比多一個(gè)片段（SCR）,所以我希望通過生物信息學(xué)預(yù)測B的空間結(jié)構(gòu)進(jìn)而對(duì)其功能進(jìn)行分析，從而比較出這兩個(gè)轉(zhuǎn)錄本相關(guān)蛋白的可能存在的功能差異。 基于空間結(jié)構(gòu)預(yù)測的方法原則，我選擇用同源建模的方式進(jìn)行，并分別用swiss-model,predictprotein,Discovery studio 2.5分別進(jìn)行預(yù)測。遺憾的是，三個(gè)預(yù)測途徑無疑例外失敗，我初步分析了下失敗原因，在于模板的選擇上出了問題，DS2.5中能比對(duì)到的模板中分值最高的也就是轉(zhuǎn)錄本A的序列，而e-value卻是0，沒理解錯(cuò)的話，數(shù)據(jù)庫對(duì)這兩個(gè)轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)默認(rèn)是一個(gè)。 我的問題是，同源建模的方法預(yù)測同一基因編碼的不同轉(zhuǎn)錄本的蛋白空間結(jié)構(gòu)是否無法實(shí)現(xiàn)？是否存在其它的方法預(yù)測這種情況的蛋白空間結(jié)構(gòu)（本人條件有限，只有PC一臺(tái)，網(wǎng)線一條）？是否存在一種軟件可以對(duì)現(xiàn)有的蛋白空間結(jié)構(gòu)進(jìn)行編輯，比如可以改變其骨架走向，抑或在蛋白骨架上添加一段新的骨架（嘿嘿······）？對(duì)我現(xiàn)在這種雞肋情況，各位有何建議？ 文字較多，有勞各位耐心解答了。  謝謝謝謝謝謝�。�！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：實(shí)驗(yàn)器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：和實(shí)驗(yàn)材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有284人回復(fù)
-
蛋白質(zhì)檢測：精準(zhǔn)分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- BCA法測蛋白含量遇到一點(diǎn)問題，求解惑
已經(jīng)有34人回復(fù)
- 求助蛋白質(zhì)三維建模
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 求助，是否有哪個(gè)蛋白質(zhì)三維軟件可以特定改變某個(gè)氨基酸的某個(gè)基團(tuán)
已經(jīng)有18人回復(fù)
- 用SwissModel預(yù)測只能得到蛋白質(zhì)的一大部分的三維結(jié)構(gòu)，why？
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 求助蛋白質(zhì)分子三維尺寸
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 關(guān)于同源建模預(yù)測蛋白三維結(jié)構(gòu)
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 外源蛋白誘導(dǎo)表達(dá)量特別少，求大俠解惑
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助/交流】除了swiss-model還有別的預(yù)測基因蛋白三維結(jié)構(gòu)的工具嗎？
已經(jīng)有8人回復(fù)
CD21andEBV
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 0.8
- 帖子: 10
- 在線: 1.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 3506521
- 注冊(cè): 2014-10-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 頭頸部及頜面腫瘤
2樓2014-11-30 20:10:45
3樓2014-11-30 22:01:12
CD21andEBV
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 0.8
- 帖子: 10
- 在線: 1.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 3506521
- 注冊(cè): 2014-10-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 頭頸部及頜面腫瘤
|
stone2239你好，終于等到像你這樣的專家了。對(duì)于你說的把多出的一段單獨(dú)預(yù)測，我的這個(gè)蛋白是由若干個(gè)同一個(gè) 基本片段形成的，多出來的也正是這同樣的一個(gè)基本片段，我希望是找出多出來的這個(gè)片段對(duì)整體結(jié)構(gòu)的影響，比如骨架是否會(huì)發(fā)生變向，是否會(huì)造成某個(gè)位點(diǎn)被遮蓋。所以若單獨(dú)預(yù)測這個(gè)片段，我這個(gè)情況是否能得到我預(yù)期的結(jié)果？我會(huì)試下phyre2，到時(shí)希望能再得到你的指點(diǎn)。多謝了。 |
4樓2014-12-01 19:20:52
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 CD21andEBV 的主題更新
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 310求調(diào)劑 +4 | baibai1314 2026-03-16 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 306求調(diào)劑 +5 | 來好運(yùn)來來來 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 26研0 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +4 | plum李子 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 354求調(diào)劑 +7 | Tyoumou 2026-03-18 | 10/500 |
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | 要好好無聊 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 13341 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩333求調(diào)劑 +3 | 北道巷 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +4 | 某某某某位 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學(xué)，080502，354分求調(diào)劑 +5 | 守候夕陽CF 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理材料305分求調(diào)劑 +6 | 想上岸的鯉魚 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 330求調(diào)劑 +4 | 小材化本科 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +7 | ^O^乜 2026-03-19 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +5 | @taotao 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 261求B區(qū)調(diào)劑，科研經(jīng)歷豐富 +3 | 牛奶很忙 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑 +9 | 手機(jī)用戶 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4 | 18889395102 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程專碩求調(diào)劑 +10 | 慕寒mio 2026-03-16 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩調(diào)劑 +5 | 204818@lcx 2026-03-17 | 6/300 |
|