 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 818 | 回復(fù): 3 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
CD21andEBV新蟲 (初入文壇)
|
[求助]
關(guān)于蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測遇到的問題，求解惑！ 已有1人參與
|
|
|
首先感謝各位能抽空閱讀本貼，如蒙指導(dǎo)一二，幸甚幸甚。我只有5金幣，已是傾囊而出，希望各位不要嫌我磕磣，只能以謝意略表誠意了。 進(jìn)入正題，本人目前在做一個(gè)蛋白的三維結(jié)構(gòu)預(yù)測，NCBI中收錄編碼該蛋白的基因的兩個(gè)轉(zhuǎn)錄本（人的），其中一個(gè)轉(zhuǎn)錄本（A）已有空間結(jié)構(gòu)（實(shí)驗(yàn)測得），而另一個(gè)轉(zhuǎn)錄本（B）因與A相比多一個(gè)片段（SCR）,所以我希望通過生物信息學(xué)預(yù)測B的空間結(jié)構(gòu)進(jìn)而對(duì)其功能進(jìn)行分析，從而比較出這兩個(gè)轉(zhuǎn)錄本相關(guān)蛋白的可能存在的功能差異。 基于空間結(jié)構(gòu)預(yù)測的方法原則，我選擇用同源建模的方式進(jìn)行，并分別用swiss-model,predictprotein,Discovery studio 2.5分別進(jìn)行預(yù)測。遺憾的是，三個(gè)預(yù)測途徑無疑例外失敗，我初步分析了下失敗原因，在于模板的選擇上出了問題，DS2.5中能比對(duì)到的模板中分值最高的也就是轉(zhuǎn)錄本A的序列，而e-value卻是0，沒理解錯(cuò)的話，數(shù)據(jù)庫對(duì)這兩個(gè)轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)默認(rèn)是一個(gè)。 我的問題是，同源建模的方法預(yù)測同一基因編碼的不同轉(zhuǎn)錄本的蛋白空間結(jié)構(gòu)是否無法實(shí)現(xiàn)？是否存在其它的方法預(yù)測這種情況的蛋白空間結(jié)構(gòu)（本人條件有限，只有PC一臺(tái)，網(wǎng)線一條）？是否存在一種軟件可以對(duì)現(xiàn)有的蛋白空間結(jié)構(gòu)進(jìn)行編輯，比如可以改變其骨架走向，抑或在蛋白骨架上添加一段新的骨架（嘿嘿······）？對(duì)我現(xiàn)在這種雞肋情況，各位有何建議？ 文字較多，有勞各位耐心解答了。  謝謝謝謝謝謝！��！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有198人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
留學(xué)--博士招生
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
化學(xué)工程，本211，求調(diào)劑，ab區(qū)不限
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
邵陽學(xué)院食品與化學(xué)工程學(xué)院碩士調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- BCA法測蛋白含量遇到一點(diǎn)問題，求解惑
已經(jīng)有34人回復(fù)
- 求助蛋白質(zhì)三維建模
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 求助，是否有哪個(gè)蛋白質(zhì)三維軟件可以特定改變某個(gè)氨基酸的某個(gè)基團(tuán)
已經(jīng)有18人回復(fù)
- 用SwissModel預(yù)測只能得到蛋白質(zhì)的一大部分的三維結(jié)構(gòu)，why？
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 求助蛋白質(zhì)分子三維尺寸
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 關(guān)于同源建模預(yù)測蛋白三維結(jié)構(gòu)
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 外源蛋白誘導(dǎo)表達(dá)量特別少，求大俠解惑
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助/交流】除了swiss-model還有別的預(yù)測基因蛋白三維結(jié)構(gòu)的工具嗎？
已經(jīng)有8人回復(fù)
3樓2014-11-30 22:01:12
CD21andEBV
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 0.8
- 帖子: 10
- 在線: 1.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 3506521
- 注冊: 2014-10-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 頭頸部及頜面腫瘤
2樓2014-11-30 20:10:45
CD21andEBV
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 0.8
- 帖子: 10
- 在線: 1.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 3506521
- 注冊: 2014-10-29
- 性別: GG
- 專業(yè): 頭頸部及頜面腫瘤
|
stone2239你好，終于等到像你這樣的專家了。對(duì)于你說的把多出的一段單獨(dú)預(yù)測，我的這個(gè)蛋白是由若干個(gè)同一個(gè) 基本片段形成的，多出來的也正是這同樣的一個(gè)基本片段，我希望是找出多出來的這個(gè)片段對(duì)整體結(jié)構(gòu)的影響，比如骨架是否會(huì)發(fā)生變向，是否會(huì)造成某個(gè)位點(diǎn)被遮蓋。所以若單獨(dú)預(yù)測這個(gè)片段，我這個(gè)情況是否能得到我預(yù)期的結(jié)果？我會(huì)試下phyre2，到時(shí)希望能再得到你的指點(diǎn)。多謝了。 |
4樓2014-12-01 19:20:52
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 一志愿哈爾濱工業(yè)大學(xué)材料與化工方向336分 +9 | 辰沐5211314 2026-03-26 | 9/450 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿211 初試270分 求調(diào)劑 +8 | 谷雨上岸 2026-03-23 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求導(dǎo)師收 +9 | 天天好運(yùn)來上岸?/a> 2026-03-24 | 10/500 |
|
|
[考研] 315求調(diào)劑 +4 | akie... 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿華北電力大學(xué)能動(dòng)專碩，293，求調(diào)劑 +3 | 15537177284 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 320分，材料與化工專業(yè)，求調(diào)劑 +9 | 一定上岸aaa 2026-03-27 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 070300求調(diào)劑306分 +4 | 26要上岸 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +8 | 邱gl 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 292求調(diào)劑 +14 | 鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-25 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 一志愿哈工大總分298分，前三科223分 +5 | dongfang59 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +7 | 嗯滴的基本都 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +7 | 孅華 2026-03-22 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 314求調(diào)劑 +3 | 溪云珂 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 【雙一流院校新能源、環(huán)境材料，材料加工與模擬招收大量調(diào)劑】 +4 | Higraduate 2026-03-22 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求B區(qū)調(diào)劑 +3 | 邱gl 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 網(wǎng)絡(luò)空間安全0839招調(diào)劑 +4 | w320357296 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 289材料與化工（085600）B區(qū)求調(diào)劑 +4 | 這么名字咋樣 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[有機(jī)交流]
 有機(jī)合成求助
 20+3
|
FENGSHUJEI 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料專碩331求調(diào)劑 +4 | 鮮當(dāng)牛 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
 085404電子信息284分求調(diào)劑
+4
|
13659058978 2026-03-24 | 4/200 |
|