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CD21andEBV新蟲 (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)遇到的問題，求解惑！ 已有1人參與
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首先感謝各位能抽空閱讀本貼，如蒙指導(dǎo)一二，幸甚幸甚。我只有5金幣，已是傾囊而出，希望各位不要嫌我磕磣，只能以謝意略表誠意了。 進(jìn)入正題，本人目前在做一個(gè)蛋白的三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，NCBI中收錄編碼該蛋白的基因的兩個(gè)轉(zhuǎn)錄本（人的），其中一個(gè)轉(zhuǎn)錄本（A）已有空間結(jié)構(gòu)（實(shí)驗(yàn)測(cè)得），而另一個(gè)轉(zhuǎn)錄本（B）因與A相比多一個(gè)片段（SCR）,所以我希望通過生物信息學(xué)預(yù)測(cè)B的空間結(jié)構(gòu)進(jìn)而對(duì)其功能進(jìn)行分析，從而比較出這兩個(gè)轉(zhuǎn)錄本相關(guān)蛋白的可能存在的功能差異。 基于空間結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的方法原則，我選擇用同源建模的方式進(jìn)行，并分別用swiss-model,predictprotein,Discovery studio 2.5分別進(jìn)行預(yù)測(cè)。遺憾的是，三個(gè)預(yù)測(cè)途徑無疑例外失敗，我初步分析了下失敗原因，在于模板的選擇上出了問題，DS2.5中能比對(duì)到的模板中分值最高的也就是轉(zhuǎn)錄本A的序列，而e-value卻是0，沒理解錯(cuò)的話，數(shù)據(jù)庫對(duì)這兩個(gè)轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)默認(rèn)是一個(gè)。 我的問題是，同源建模的方法預(yù)測(cè)同一基因編碼的不同轉(zhuǎn)錄本的蛋白空間結(jié)構(gòu)是否無法實(shí)現(xiàn)？是否存在其它的方法預(yù)測(cè)這種情況的蛋白空間結(jié)構(gòu)（本人條件有限，只有PC一臺(tái)，網(wǎng)線一條）？是否存在一種軟件可以對(duì)現(xiàn)有的蛋白空間結(jié)構(gòu)進(jìn)行編輯，比如可以改變其骨架走向，抑或在蛋白骨架上添加一段新的骨架（嘿嘿······）？對(duì)我現(xiàn)在這種雞肋情況，各位有何建議？ 文字較多，有勞各位耐心解答了。  謝謝謝謝謝謝！��！ |
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2樓2014-11-30 20:10:45
3樓2014-11-30 22:01:12
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stone2239你好，終于等到像你這樣的專家了。對(duì)于你說的把多出的一段單獨(dú)預(yù)測(cè)，我的這個(gè)蛋白是由若干個(gè)同一個(gè) 基本片段形成的，多出來的也正是這同樣的一個(gè)基本片段，我希望是找出多出來的這個(gè)片段對(duì)整體結(jié)構(gòu)的影響，比如骨架是否會(huì)發(fā)生變向，是否會(huì)造成某個(gè)位點(diǎn)被遮蓋。所以若單獨(dú)預(yù)測(cè)這個(gè)片段，我這個(gè)情況是否能得到我預(yù)期的結(jié)果？我會(huì)試下phyre2，到時(shí)希望能再得到你的指點(diǎn)。多謝了。 |
4樓2014-12-01 19:20:52
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