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zhuhy1116

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[求助] 關(guān)于MS DMOL3模塊算過(guò)渡態(tài)的問(wèn)題，急！�。�！

本人最近正在研究金屬催化劑對(duì)煤焦還原NO的影響，但是采用的是dmol模塊，我構(gòu)建了金屬切面，選擇了焦炭模型和NO分子同時(shí)吸附在切面上，但是算出來(lái)的過(guò)渡態(tài)虛頻很多，而且振動(dòng)強(qiáng)度都為零，我想問(wèn)一下是我的方法有問(wèn)題么？用castep來(lái)算的話，怎么保證你算得過(guò)渡態(tài)的正確性，因?yàn)椴幌馾mol模塊可以通過(guò)頻率分析來(lái)確認(rèn)過(guò)渡態(tài)是否準(zhǔn)確啊。

Frequency (1/cm) Intensity (km/mol)
-699.22000000 0.00000000
-497.61000000 0.00000000
-44.83000000 0.00000000
-40.25000000 0.00000000
-38.84000000 0.00000000
-34.48000000 0.00000000
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【求助】DMol3過(guò)渡態(tài)搜索的相關(guān)問(wèn)題已經(jīng)有6人回復(fù)

1樓 2014-12-15 15:35:48

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gmy1990: 金幣+2, 感謝應(yīng)助 2014-12-19 18:54:38

DMol3你想看到頻率的詳細(xì)信息必須得進(jìn)行性質(zhì)中頻率計(jì)算，這里給出的頻率我估計(jì)應(yīng)該是幾何優(yōu)化過(guò)程采用的粗糙的Hessian估計(jì)的。MS下CASTEP做反應(yīng)確實(shí)稍弱一些。

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2樓2014-12-17 14:16:13

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2樓: Originally posted by 卡開發(fā)發(fā) at 2014-12-17 14:16:13
DMol3你想看到頻率的詳細(xì)信息必須得進(jìn)行性質(zhì)中頻率計(jì)算，這里給出的頻率我估計(jì)應(yīng)該是幾何優(yōu)化過(guò)程采用的粗糙的Hessian估計(jì)的。MS下CASTEP做反應(yīng)確實(shí)稍弱一些。

我現(xiàn)在是一直卡在這里進(jìn)行不下去，進(jìn)行過(guò)渡態(tài)優(yōu)化也是收斂不了，怎么辦吶···

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3樓2014-12-17 15:01:53

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3樓: Originally posted by zhuhy1116 at 2014-12-17 15:01:53
我現(xiàn)在是一直卡在這里進(jìn)行不下去，進(jìn)行過(guò)渡態(tài)優(yōu)化也是收斂不了，怎么辦吶···...

我不知道你指的不收斂是？到底是頻率算不出，還是過(guò)渡態(tài)搜索不出？或是過(guò)渡態(tài)優(yōu)化結(jié)構(gòu)的過(guò)程不能收斂？

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4樓2014-12-19 09:50:03

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4樓: Originally posted by 卡開發(fā)發(fā) at 2014-12-19 09:50:03
我不知道你指的不收斂是？到底是頻率算不出，還是過(guò)渡態(tài)搜索不出？或是過(guò)渡態(tài)優(yōu)化結(jié)構(gòu)的過(guò)程不能收斂？...

頻率不是算出來(lái)了呢，但是振動(dòng)強(qiáng)度都是零，不收斂是在過(guò)渡態(tài)優(yōu)化的過(guò)程中，而且這個(gè)算出來(lái)的虛頻也太多了···

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5樓2014-12-22 15:34:56

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5樓: Originally posted by zhuhy1116 at 2014-12-22 15:34:56
頻率不是算出來(lái)了呢，但是振動(dòng)強(qiáng)度都是零，不收斂是在過(guò)渡態(tài)優(yōu)化的過(guò)程中，而且這個(gè)算出來(lái)的虛頻也太多了···...

不是算的頻率是看不到振動(dòng)模的（振動(dòng)強(qiáng)度），而且Hessian矩陣不夠精確，沒啥參考意義。補(bǔ)充頻率計(jì)算吧。

如果過(guò)渡態(tài)不收斂，只能通過(guò)修改那些DIIS和charge mix等來(lái)增加收斂的可能。金屬切面的話要保證k和smearing都非常充分、合適。一些帶磁性的金屬可能處理起來(lái)會(huì)比較棘手，如果是這樣就沒辦法了。

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6樓2014-12-22 16:20:00

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6樓: Originally posted by 卡開發(fā)發(fā) at 2014-12-22 16:20:00
不是算的頻率是看不到振動(dòng)模的（振動(dòng)強(qiáng)度），而且Hessian矩陣不夠精確，沒啥參考意義。補(bǔ)充頻率計(jì)算吧。

如果過(guò)渡態(tài)不收斂，只能通過(guò)修改那些DIIS和charge mix等來(lái)增加收斂的可能。金屬切面的話要保證k和smeari ...

確實(shí) 做fe切面的話連結(jié)構(gòu)優(yōu)化都成功不了，更別提過(guò)渡態(tài)了，我現(xiàn)在用的是CAO切面。您的意思是我這么計(jì)算出來(lái)的虛頻和振動(dòng)強(qiáng)度沒有意義是么？那應(yīng)該怎么補(bǔ)充頻率計(jì)算？過(guò)渡態(tài)搜索的時(shí)候outmol里面已經(jīng)有反應(yīng)能壘的信息了，根據(jù)我這種情況算出來(lái)的能量可信么？另外調(diào)節(jié)參數(shù)的時(shí)候，一直在用smearing來(lái)加速收斂，你說(shuō)的這兩個(gè)倒是很少使用，您能詳細(xì)說(shuō)說(shuō)這兩個(gè)參數(shù)一般怎么調(diào)才能使過(guò)渡態(tài)收斂呢？

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7樓2014-12-23 09:46:55

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7樓: Originally posted by zhuhy1116 at 2014-12-23 09:46:55
確實(shí) 做fe切面的話連結(jié)構(gòu)優(yōu)化都成功不了，更別提過(guò)渡態(tài)了，我現(xiàn)在用的是CAO切面。您的意思是我這么計(jì)算出來(lái)的虛頻和振動(dòng)強(qiáng)度沒有意義是么？那應(yīng)該怎么補(bǔ)充頻率計(jì)算？過(guò)渡態(tài)搜索的時(shí)候outmol里面已經(jīng)有反應(yīng)能壘的信 ...

不計(jì)算頻率根本是得不到振動(dòng)強(qiáng)度的，補(bǔ)充頻率需要在Properties計(jì)算Freq。如果能夠搜索到過(guò)渡態(tài)，outmol中的能壘一般稍高估些，可通過(guò)頻率計(jì)算后再進(jìn)行TS opt。

Smearing很大的結(jié)果是不可靠的，至少要保證輸出文件中-KTeS項(xiàng)<1meV/atom。

如果很難收斂的情況一般建議先提升精度，如果Fine精度還很困難，減小charge mix和DIIS。

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8樓2014-12-23 15:10:30

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