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山河大川木蟲 (著名寫手)
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晶體結(jié)構(gòu)中Z值和分子式的確定(期待這次真正弄懂) 已有2人參與
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在晶體解析過程中,Z值和分子式的確定,我一直很糊涂。具體應(yīng)該如何確定呢? Z值是晶胞中不對稱單元的個數(shù)。比如在一個P-1空間群里,一個分子本身存在中心對稱,中心原子M處于特殊位置,占有率為0.5,在lst文件 Unit-cell contents from UNIT instruction and atom list resp下面的列表里,顯示中心原子M的個數(shù)是1。在mercury里看res文件,分子自動就對稱過去,長全了。那么分子式里中心原子M就應(yīng)該按1個來計算對吧,這樣在ins文件里SFAC UNIT對應(yīng)的個數(shù)應(yīng)該是1,是吧,這里也是指晶胞里的個數(shù),對吧。 那這個Z值是多少呢?res文件里是M原子是0.5個,分子里應(yīng)該是1個,那么這個Z是不是就應(yīng)該是2個了。 在lst文件 Unit-cell contents from UNIT instruction and atom list resp下面的列表里,指的是一個晶胞中的所有原子個數(shù),對吧。這應(yīng)該跟化合物的分子式成整數(shù)比,是吧。 以前一直模模糊糊的,我自己的都是P-1,每次Z值我都按照checkcif文件來整,但最近師弟師妹問我這個問題,我不知道該如何解釋了。希望這次自己能真正弄懂。謝謝! 希望@xi2004老師@ 羊倌老師@ jackdeng老師這些牛人老師幫幫菜鳥。謝謝! |

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專家經(jīng)驗: +759 |
| 化合物的Z值指的是晶胞中的分子個數(shù),是可以根據(jù)不對稱單元中某一特定原子或離子的個數(shù)以及該原子或離子總的個數(shù)(lst文件中提供的數(shù)據(jù))推算出來的,比如,某一化合物中的金屬離子在不對稱單元中的數(shù)目為一個(沒有任何原子處在特殊位置),而lst中的總數(shù)為4,那么該化合物的Z值即為4;如果有某一個或幾個原子處于特殊位置(比如反演中心或二重軸),此時的Z即為2,這種情況下,對稱性越高,Z值越小。 |
木蟲 (著名寫手)

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