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山河大川木蟲 (著名寫手)
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晶體結(jié)構(gòu)中Z值和分子式的確定（期待這次真正弄懂） 已有2人參與
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在晶體解析過程中，Z值和分子式的確定，我一直很糊涂。具體應(yīng)該如何確定呢？ Z值是晶胞中不對(duì)稱單元的個(gè)數(shù)。比如在一個(gè)P-1空間群里，一個(gè)分子本身存在中心對(duì)稱，中心原子M處于特殊位置，占有率為0.5，在lst文件 Unit-cell contents from UNIT instruction and atom list resp下面的列表里，顯示中心原子M的個(gè)數(shù)是1。在mercury里看res文件，分子自動(dòng)就對(duì)稱過去，長全了。那么分子式里中心原子M就應(yīng)該按1個(gè)來計(jì)算對(duì)吧，這樣在ins文件里SFAC UNIT對(duì)應(yīng)的個(gè)數(shù)應(yīng)該是1，是吧，這里也是指晶胞里的個(gè)數(shù)，對(duì)吧。 那這個(gè)Z值是多少呢？res文件里是M原子是0.5個(gè)，分子里應(yīng)該是1個(gè)，那么這個(gè)Z是不是就應(yīng)該是2個(gè)了。 在lst文件 Unit-cell contents from UNIT instruction and atom list resp下面的列表里，指的是一個(gè)晶胞中的所有原子個(gè)數(shù)，對(duì)吧。這應(yīng)該跟化合物的分子式成整數(shù)比，是吧。 以前一直模模糊糊的，我自己的都是P-1，每次Z值我都按照checkcif文件來整，但最近師弟師妹問我這個(gè)問題，我不知道該如何解釋了。希望這次自己能真正弄懂。謝謝！ 希望@xi2004老師@ 羊倌老師@ jackdeng老師這些牛人老師幫幫菜鳥。謝謝！ |
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3樓2014-12-30 14:09:54
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
山河大川: 金幣+5, ★★★很有幫助, 謝謝！ 2015-01-01 09:37:16
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| 化合物的Z值指的是晶胞中的分子個(gè)數(shù)，是可以根據(jù)不對(duì)稱單元中某一特定原子或離子的個(gè)數(shù)以及該原子或離子總的個(gè)數(shù)（lst文件中提供的數(shù)據(jù)）推算出來的，比如，某一化合物中的金屬離子在不對(duì)稱單元中的數(shù)目為一個(gè)（沒有任何原子處在特殊位置），而lst中的總數(shù)為4，那么該化合物的Z值即為4；如果有某一個(gè)或幾個(gè)原子處于特殊位置（比如反演中心或二重軸），此時(shí)的Z即為2，這種情況下，對(duì)稱性越高，Z值越小。 |
4樓2014-12-31 08:25:11
山河大川
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5樓2014-12-31 15:14:14
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6樓2014-12-31 20:12:21
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