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[求助]
Scaffold條數(shù) 大小 全基因組測序 已有2人參與
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全基因組測序的結(jié)果出來了（細菌，精細圖），有太多問題了，先問一個我最捉急的問題 最后scaffold條數(shù)是1條，但是scaffold的長度和預(yù)測的基因組的大�。ㄓ肒-mer統(tǒng)計）差了1M多，那是不是說明我的基因組有1M多是沒有序列的啊？  |
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| 頂 |
2樓2015-01-05 14:02:10
nanhu1984
銀蟲 (正式寫手)
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3樓2015-01-05 19:45:22
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
shellyxss: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2015-01-06 08:58:34
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Scaffold數(shù)目少了好 一條就說明有一個完整的 我不太立即你說的精細圖 是算個組好的DRAFT GENOME還是實實在在的COMPLETE GENOME 你看下你Scaffold里面有沒有空位或者插入N 如果有那就是還沒填完，真實基因組其實會比這個大（但是真實尚不知） 如果你的scaffold就是真實值 那小了也正常 因為你的contigs里其實有重復(fù) 在scaffolding的過程中會刪掉 所以一般來說scaffolding后的結(jié)果會比你“原以為的”要小 實在不確定跟相關(guān)亞種進行比較 差個0.幾M的都很正常 |
4樓2015-01-06 01:22:51
5樓2015-01-06 08:58:50
6樓2015-01-06 09:10:39
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