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zxd95至尊木蟲 (著名寫手)
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[交流]
植物同源基因的表達(dá)模式分析問題探討 已有1人參與
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最近在植物中擴(kuò)增基因的ORF序列，測(cè)序后，發(fā)現(xiàn)同一基因存在2-4個(gè)不等的同源基因，有的同源基因之間僅存在1個(gè)堿基的差異；那么做基因表達(dá)分析時(shí)，應(yīng)該怎樣設(shè)計(jì)引物？是讓同源基因差異堿基放在qPCR引物的3'端嗎？這樣是否可行，有沒有蟲友遇到同樣問題的？你們是怎么解決的，分享一下，謝謝！ |
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2015-01-28 11:33:22
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2015-01-28 11:33:22
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首先，你確定你的同源基因間只差一個(gè)堿基是克隆和測(cè)序造成的誤差還是實(shí)際真實(shí)存在呢？換句話說，如果發(fā)生這種情況，請(qǐng)多做幾個(gè)克隆并測(cè)序，確定是真實(shí)存在還是同一個(gè)基因結(jié)果被測(cè)了兩次。 如果真如LZ所說，那么實(shí)際qpcr會(huì)很難設(shè)計(jì)引物，對(duì)于這種高同源的基因，一般會(huì)選擇taqman 并且由公司設(shè)計(jì)合成，sybr green基本就是廢，分不出來。 |
2樓2015-01-28 04:19:12
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