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北京石油化工學院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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15216105346

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[求助] 為什么修改Dreiding力場形式用文獻的勢參數(shù)，體系勢能大的離譜！已有1人參與

我把Dreiding力場的默認L_J-12-6形式改成需要的Buckingham形式，勢參數(shù)選用某篇文獻，最后使用自己改進的力場對體系進行幾何優(yōu)化，發(fā)現(xiàn)體系無論在優(yōu)化前還是優(yōu)化后都大的離奇，71707286144820604000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol。

請問哪里錯了，是不是修改Dreiding力場過程中有什么問題？還是別的什么

Forcite
-------
Task          : Geometry Optimization
Version       : 7.0
Build date    : Nov 12 2013
Host          : xuzhenming
Threads       : Parallel 4
Operating system : Windows
Task started    : Tue Jan 27 23:43:32 2015

---- Geometry optimization parameters ----

Algorithm                      : Smart
Convergence tolerance:
  Energy                      : 0.001 kcal/mol
  Force                      : 0.5 kcal/mol/A
Dreiding

---- Energy parameters ----

Forcefield                   : \xuzhenming（Dreiding的改動）
Charges                      : Charge using QEq
Electrostatic terms:
  Summation method             : Ewald
  Accuracy                   : 0.001 kcal/mol
  Buffer width                : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method             : Atom based
  Truncation method          : Cubic spline
  Cutoff distance             : 12.5 A
  Spline width                : 1 A
  Long range correction       : YES
  Buffer width                : 0.5 A

---- Initial structure ----

Total enthalpy                : 71707286144820604000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol
  External pressure term       : 0.000000 kcal/mol

Total energy                   : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol

Contributions to total energy (kcal/mol):
  Non-bond energy             : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000
van der Waals             : 20608469379.584
Long range correction    : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000
Electrostatic             : -1033129.589

rms force  : 6.592E+004 kcal/mol/A
max force  : 2.059E+005 kcal/mol/A

Cell parameters: a:  33.799800 A b:  33.763800 A c:  47.771400 A
            alpha:  90.000 deg  beta:  90.000 deg gamma:  90.000 deg
WARNING No progress. Optimization with current method stopped.

---- Final structure ----

Total enthalpy                : 71707286144820604000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol
  External pressure term       : 0.000000 kcal/mol

Total energy                   : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000000 kcal/mol

Contributions to total energy (kcal/mol):
  Non-bond energy             : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000
van der Waals             : 20029421699.475
Long range correction    : 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000
Electrostatic             :    91604.397

rms force  : 7.466E+004 kcal/mol/A
max force  : 4.661E+005 kcal/mol/A

Cell parameters: a:  33.799800 A b:  33.763800 A c:  47.771400 A
            alpha:  90.000 deg  beta:  90.000 deg gamma:  90.000 deg

WARNING Convergence criteria are not satisfied.

范德華項.jpg

為什么修改Dreiding力場形式用文獻的勢參數(shù)，體系勢能大的離譜！-1

庫倫項.jpg

為什么修改Dreiding力場形式用文獻的勢參數(shù)，體系勢能大的離譜！-2

我的目標勢函數(shù)形式.png

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1樓 2015-01-28 00:26:30

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15216105346(月只藍代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵交流 2015-01-28 09:14:49

會不會是單位不一致？
MS里是kcal/mol，國際單位應(yīng)該是kJ/mol

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2樓2015-01-28 08:47:24

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引用回帖:

2樓: Originally posted by pigrass at 2015-01-28 08:47:24
會不會是單位不一致？
MS里是kcal/mol，國際單位應(yīng)該是kJ/mol

單位不會存在問題的，文獻是原子單位a.u，我已經(jīng)轉(zhuǎn)換成kcal/mol了。
剛用這個修改的力場跑完動力學，結(jié)果震驚了，密度未變（為晶體密度），溫度始終為0，壓強超大。。晶體熔融后原子盡然分層，幫我再利用這些信息分析一下錯在哪里？

---- Dynamics parameters ----

Ensemble                      : NPT
Temperature                   : 1300.00 K
  Control method             : Nose
  Q ratio                      : 0.0100000
Pressure                      : 0.0001 GPa
  Control method             : Berendsen
  Decay constant             : 0.1000000 ps
Timestep                      : 1.00 fs
Number of steps                : 100000
Duration                      : 100 ps
Initial velocities             : Random
Random number seed             : 1422376112

---- Energy parameters ----

Forcefield                   : \xuzhenming
Charges                      : Charge using QEq
Electrostatic terms:
  Summation method             : Ewald
  Accuracy                   : 0.001 kcal/mol
  Buffer width                : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method             : Atom based
  Truncation method          : Cubic spline
  Cutoff distance             : 12.5 A
  Spline width                : 1 A
  Long range correction       : YES
  Buffer width                : 0.5 A

---- Thermostat ----

Nose mass parameter, Q mass: 334.727 kcal/mol*ps^2

---- Dynamics summary ----

                           Initial       Final    Average Std. Dev.
                           -------       -----    ------- ---------
Tot. energy (kcal/mol)    71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000       0.000
Pot. energy (kcal/mol)    71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000 71707286144820600000000000000000000000000000000000000000.000       0.000
Kin. energy (kcal/mol)    16736.333       0.000    1674.217 523823.583
Tot. enthalpy (kcal/mol) 143414572289641230000000000000000000000000000000000000000.000 143414572289641230000000000000000000000000000000000000000.000 143414572289641230000000000000000000000000000000000000000.000       0.000
Temperature (K)          1300.000       0.000    130.045 40688.165
Pressure (GPa)          9138409243595302800000000000000000000000000000000000.000 9138409243595302800000000000000000000000000000000000.000 9138409243595302800000000000000000000000000000000000.000       0.000
Volume (A^3)             54517.184 54517.184 54517.184       0.000
Density (g/cm^3)             2.762       2.762       2.762       0.000

Task terminated             : Wed Jan 28 10:24:16 2015
Total CPU time used by Forcite: 9:13:32 hours (33211.5s)

Termination status : Normal

為什么修改Dreiding力場形式用文獻的勢參數(shù)，體系勢能大的離譜！-3

密度始終為晶體密度.jpg

為什么修改Dreiding力場形式用文獻的勢參數(shù)，體系勢能大的離譜！-4

溫度始終為0.jpg

為什么修改Dreiding力場形式用文獻的勢參數(shù)，體系勢能大的離譜！-5

原子分層.jpg

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3樓2015-01-28 10:55:29

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3樓: Originally posted by 15216105346 at 2015-01-28 10:55:29
單位不會存在問題的，文獻是原子單位a.u，我已經(jīng)轉(zhuǎn)換成kcal/mol了。
剛用這個修改的力場跑完動力學，結(jié)果震驚了，密度未變（為晶體密度），溫度始終為0，壓強超大。。晶體熔融后原子盡然分層，幫我再利用這些信息 ...

能不能把你的參考文獻發(fā)一下？我看看能不能改出來

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4樓2015-01-28 11:01:21

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4樓: Originally posted by pigrass at 2015-01-28 11:01:21
能不能把你的參考文獻發(fā)一下？我看看能不能改出來...

只考慮Na、Al、F這三種元素。
謝謝�。�

為什么修改Dreiding力場形式用文獻的勢參數(shù)，體系勢能大的離譜！-6

勢參數(shù)，原子單位.gif

為什么修改Dreiding力場形式用文獻的勢參數(shù)，體系勢能大的離譜！-7

文獻參數(shù)形式.jpg

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2015-01-28 11:11:42, 1005.86 K

5樓2015-01-28 11:13:01

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【答案】應(yīng)助回帖

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引用回帖:

5樓: Originally posted by 15216105346 at 2015-01-28 11:13:01
只考慮Na、Al、F這三種元素。
謝謝��！

勢參數(shù)，原子單位.gif

文獻參數(shù)形式.jpg
...

buckingham里的β單位是A^-1，文獻里是a.u.，你需要轉(zhuǎn)換一下
下面的數(shù)據(jù)是我試著轉(zhuǎn)的你看看對不對

為什么修改Dreiding力場形式用文獻的勢參數(shù)，體系勢能大的離譜！-8

我取一個NaF的晶胞（4.6A*4.6A*4.6A)，簡單計算下，標準dreiding力場NVT 1300K，平衡10fs

取最后一幀計算energy，van der waals，dreiding的結(jié)果是126.68kJ/mol，換buckingham修改后的是66.082，compass是89.395

buckingham修改后的和compass結(jié)果還是接近的，也沒有出現(xiàn)很離譜的數(shù)值，計算后的β應(yīng)該是合理的
Electrostatic我全刪掉了，不刪掉也不影響van der waals

我猜主要是你的β數(shù)值問題，你可以修改后再看看
（NVT系綜密度肯定是不變的）

為什么修改Dreiding力場形式用文獻的勢參數(shù)，體系勢能大的離譜！-9

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6樓2015-01-28 16:50:20

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引用回帖:

6樓: Originally posted by pigrass at 2015-01-28 16:50:20
buckingham里的β單位是A^-1，文獻里是a.u.，你需要轉(zhuǎn)換一下
下面的數(shù)據(jù)是我試著轉(zhuǎn)的你看看對不對

我取一個NaF的晶胞（4.6A*4.6A*4.6A)，簡單計算下，標準dreiding力場NVT 1300K，平衡10fs

取最后一幀計 ...

謝謝您的幫忙！

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7樓2015-01-28 18:49:18

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把Dreiding力場的默認L_J-12-6形式改成需要的Buckingham形式，勢參數(shù)選用某篇文獻，，，
請問樓主是怎么做的？我們找不到在哪里修改力場形式，希望樓主不吝賜教！

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小蟲期待破繭成蝶！

8樓2015-04-22 17:27:45

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sunep07

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9樓2015-09-18 12:40:22

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